More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0938 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.27 
 
 
677 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  53.67 
 
 
675 aa  669    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  54.57 
 
 
677 aa  655    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.88 
 
 
675 aa  683    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  100 
 
 
697 aa  1374    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.5 
 
 
677 aa  680    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.65 
 
 
702 aa  660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  54.59 
 
 
705 aa  646    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  84.35 
 
 
706 aa  1121    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.93 
 
 
700 aa  674    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  82.76 
 
 
705 aa  1118    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.72 
 
 
701 aa  661    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.27 
 
 
677 aa  676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  85.36 
 
 
706 aa  1145    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  85.22 
 
 
706 aa  1105    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  53.47 
 
 
674 aa  658    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.64 
 
 
708 aa  694    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.27 
 
 
677 aa  676    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.65 
 
 
677 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.65 
 
 
677 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.06 
 
 
677 aa  659    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.3 
 
 
683 aa  682    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  54.55 
 
 
674 aa  682    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.27 
 
 
677 aa  675    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.12 
 
 
677 aa  608  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.18 
 
 
656 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.69 
 
 
628 aa  410  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.08 
 
 
656 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.06 
 
 
657 aa  385  1e-105  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  38.63 
 
 
658 aa  378  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  39.26 
 
 
694 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.6 
 
 
724 aa  369  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.26 
 
 
687 aa  368  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 
636 aa  361  2e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.59 
 
 
364 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.39 
 
 
662 aa  350  4e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  37.48 
 
 
682 aa  341  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.06 
 
 
691 aa  340  5e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.07 
 
 
683 aa  333  9e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.66 
 
 
649 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.34 
 
 
737 aa  325  1e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.33 
 
 
703 aa  325  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.64 
 
 
662 aa  317  5e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.55 
 
 
621 aa  314  3.9999999999999997e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  33.38 
 
 
859 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  34.51 
 
 
689 aa  313  6.999999999999999e-84  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.83 
 
 
688 aa  313  6.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  33.79 
 
 
859 aa  310  4e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  33.48 
 
 
927 aa  309  9e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.89 
 
 
717 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.12 
 
 
647 aa  307  4.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.62 
 
 
723 aa  304  3.0000000000000004e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  33.38 
 
 
854 aa  303  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.64 
 
 
837 aa  303  6.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  39.23 
 
 
715 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.07 
 
 
862 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.79 
 
 
865 aa  292  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.31 
 
 
706 aa  290  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.38 
 
 
739 aa  289  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.51 
 
 
670 aa  286  7e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.48 
 
 
855 aa  285  1.0000000000000001e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.33 
 
 
865 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  30.59 
 
 
688 aa  285  3.0000000000000004e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.13 
 
 
884 aa  283  9e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.96 
 
 
789 aa  280  6e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.27 
 
 
635 aa  279  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.6 
 
 
641 aa  276  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  32.91 
 
 
689 aa  276  9e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.9 
 
 
649 aa  276  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.97 
 
 
634 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  39.09 
 
 
743 aa  273  9e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.47 
 
 
731 aa  271  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.11 
 
 
848 aa  270  5.9999999999999995e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.72 
 
 
757 aa  267  5e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.11 
 
 
634 aa  266  7e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.52 
 
 
671 aa  266  8.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.07 
 
 
725 aa  261  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  32.02 
 
 
681 aa  258  3e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  47.73 
 
 
316 aa  253  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.78 
 
 
688 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.89 
 
 
692 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.74 
 
 
632 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.76 
 
 
726 aa  243  7e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.03 
 
 
586 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.92 
 
 
641 aa  233  9e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.52 
 
 
689 aa  230  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.25 
 
 
761 aa  227  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  32.82 
 
 
639 aa  225  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.89 
 
 
762 aa  222  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.61 
 
 
748 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.11 
 
 
930 aa  220  6e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.54 
 
 
707 aa  216  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  33.19 
 
 
707 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  33.19 
 
 
707 aa  215  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.07 
 
 
677 aa  214  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.55 
 
 
666 aa  213  7e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  43.7 
 
 
927 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.51 
 
 
852 aa  210  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.62 
 
 
870 aa  210  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  39.31 
 
 
877 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>