More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3311 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  92.45 
 
 		 689 aa  1222    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  89.65 
 
 		 688 aa  1212    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 		 692 aa  1381    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.33 
 
 		 647 aa  300  5e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.7 
 
 		 649 aa  300  6e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.4 
 
 		 639 aa  294  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.24 
 
 		 656 aa  280  8e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.31 
 
 		 628 aa  279  1e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.93 
 
 		 636 aa  276  9e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.97 
 
 		 641 aa  276  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.79 
 
 		 662 aa  275  2.0000000000000002e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.03 
 
 		 656 aa  270  8e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.18 
 
 		 621 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.55 
 
 		 662 aa  266  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.12 
 
 		 657 aa  265  2e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.7 
 
 		 641 aa  265  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  36.2 
 
 		 743 aa  260  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.39 
 
 		 700 aa  259  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.14 
 
 		 723 aa  251  5e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.1 
 
 		 731 aa  248  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  30.8 
 
 		 658 aa  248  3e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.48 
 
 		 687 aa  246  9e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  32.93 
 
 		 694 aa  245  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  34.17 
 
 		 715 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.06 
 
 		 691 aa  238  3e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.48 
 
 		 635 aa  237  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.28 
 
 		 706 aa  236  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.61 
 
 		 703 aa  234  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.96 
 
 		 726 aa  234  6e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  32.99 
 
 		 675 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  32.67 
 
 		 689 aa  232  2e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.55 
 
 		 677 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.85 
 
 		 737 aa  231  4e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.48 
 
 		 677 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.48 
 
 		 677 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.69 
 
 		 675 aa  230  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.48 
 
 		 677 aa  230  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  33.22 
 
 		 689 aa  229  9e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.78 
 
 		 632 aa  229  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  33.46 
 
 		 674 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.36 
 
 		 683 aa  228  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  32.14 
 
 		 688 aa  228  4e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.18 
 
 		 683 aa  228  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.81 
 
 		 677 aa  227  6e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.76 
 
 		 670 aa  227  7e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.97 
 
 		 649 aa  226  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  32.37 
 
 		 681 aa  226  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  32.94 
 
 		 674 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  33.54 
 
 		 682 aa  225  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.35 
 
 		 671 aa  225  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.67 
 
 		 634 aa  225  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.2 
 
 		 677 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.2 
 
 		 677 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.2 
 
 		 677 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.43 
 
 		 725 aa  223  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.4 
 
 		 706 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.5 
 
 		 706 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.07 
 
 		 705 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.17 
 
 		 757 aa  219  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.98 
 
 		 702 aa  219  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.78 
 
 		 634 aa  216  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  33.33 
 
 		 705 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  32.67 
 
 		 677 aa  213  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.29 
 
 		 717 aa  211  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.2 
 
 		 688 aa  210  8e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.47 
 
 		 677 aa  206  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  32.42 
 
 		 697 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.81 
 
 		 586 aa  205  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.28 
 
 		 762 aa  205  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.63 
 
 		 724 aa  197  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  33.26 
 
 		 639 aa  196  8.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.91 
 
 		 748 aa  195  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.7 
 
 		 739 aa  192  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.21 
 
 		 701 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  30.99 
 
 		 595 aa  181  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.79 
 
 		 707 aa  178  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  40.46 
 
 		 432 aa  178  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  32.02 
 
 		 707 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  35.65 
 
 		 859 aa  175  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  32.35 
 
 		 707 aa  174  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.41 
 
 		 677 aa  173  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  36.68 
 
 		 854 aa  172  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.43 
 
 		 901 aa  169  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35 
 
 		 859 aa  170  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.86 
 
 		 666 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  35.42 
 
 		 927 aa  169  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.27 
 
 		 708 aa  167  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  32.88 
 
 		 639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.28 
 
 		 706 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6905  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.95 
 
 		 682 aa  163  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.87 
 
 		 761 aa  162  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.54 
 
 		 674 aa  161  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.98 
 
 		 789 aa  159  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  34.12 
 
 		 577 aa  159  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  30.58 
 
 		 700 aa  158  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.52 
 
 		 895 aa  157  8e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.02 
 
 		 862 aa  155  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  39.92 
 
 		 927 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.4 
 
 		 798 aa  152  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.22 
 
 		 865 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>