More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3791 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
748 aa  1461    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.08 
 
 
762 aa  481  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.5 
 
 
761 aa  475  1e-132  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.59 
 
 
677 aa  473  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.54 
 
 
666 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.48 
 
 
670 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6905  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  50.45 
 
 
682 aa  448  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.32 
 
 
656 aa  360  5e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.87 
 
 
656 aa  333  9e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.83 
 
 
628 aa  306  9.000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.58 
 
 
662 aa  294  4e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.88 
 
 
662 aa  293  1e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.62 
 
 
636 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.9 
 
 
657 aa  284  5.000000000000001e-75  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.5 
 
 
649 aa  281  3e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.74 
 
 
687 aa  269  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.12 
 
 
683 aa  269  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  29.73 
 
 
658 aa  263  1e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  29.62 
 
 
694 aa  259  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  258  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  32.7 
 
 
715 aa  253  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  32.57 
 
 
674 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  33.28 
 
 
674 aa  250  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  32.32 
 
 
675 aa  250  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.28 
 
 
677 aa  249  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.55 
 
 
700 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.75 
 
 
688 aa  248  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.08 
 
 
647 aa  247  6.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  30.54 
 
 
682 aa  244  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.25 
 
 
621 aa  245  3e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.24 
 
 
675 aa  242  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.82 
 
 
757 aa  240  9e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.9 
 
 
737 aa  238  4e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.27 
 
 
705 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  28.99 
 
 
677 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.39 
 
 
723 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.16 
 
 
691 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.41 
 
 
731 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.27 
 
 
717 aa  234  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
708 aa  234  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  29.45 
 
 
697 aa  233  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.75 
 
 
635 aa  233  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  31.64 
 
 
743 aa  230  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.55 
 
 
639 aa  229  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.78 
 
 
683 aa  228  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.61 
 
 
706 aa  227  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.24 
 
 
641 aa  224  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.87 
 
 
702 aa  223  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  220  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  220  7e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
677 aa  220  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.51 
 
 
706 aa  220  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.37 
 
 
725 aa  219  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.02 
 
 
692 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.71 
 
 
632 aa  217  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.81 
 
 
649 aa  216  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.41 
 
 
724 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 
689 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.96 
 
 
701 aa  213  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.25 
 
 
641 aa  213  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.53 
 
 
634 aa  212  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.08 
 
 
706 aa  212  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.82 
 
 
634 aa  209  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.25 
 
 
688 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.96 
 
 
677 aa  209  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  27.22 
 
 
681 aa  207  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  26.33 
 
 
689 aa  206  1e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  27.09 
 
 
689 aa  206  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.49 
 
 
671 aa  204  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.6 
 
 
707 aa  197  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  27.17 
 
 
688 aa  196  2e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  28.68 
 
 
707 aa  194  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  31.76 
 
 
700 aa  193  9e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.09 
 
 
726 aa  192  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  28.92 
 
 
707 aa  192  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.18 
 
 
586 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.49 
 
 
739 aa  189  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0641  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.31 
 
 
685 aa  187  4e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  30.42 
 
 
639 aa  182  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35 
 
 
706 aa  181  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.82 
 
 
674 aa  176  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0208  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.09 
 
 
672 aa  176  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.702007 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.36 
 
 
798 aa  172  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  34.63 
 
 
432 aa  167  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.5 
 
 
703 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.27 
 
 
789 aa  162  3e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.19 
 
 
882 aa  161  4e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  30.97 
 
 
577 aa  160  7e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.61 
 
 
855 aa  160  8e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.07 
 
 
870 aa  159  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  32.41 
 
 
877 aa  159  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.69 
 
 
883 aa  159  3e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  31.18 
 
 
854 aa  158  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.74 
 
 
866 aa  157  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2521  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.19 
 
 
790 aa  157  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  30.67 
 
 
884 aa  157  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  28.97 
 
 
859 aa  155  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>