279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0208 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0208  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
672 aa  1282    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.702007 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0641  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.91 
 
 
685 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2521  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.41 
 
 
790 aa  366  1e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2390  TRAP transporter transmembrane protein  35.41 
 
 
787 aa  327  4.0000000000000003e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000459268  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.94 
 
 
677 aa  193  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.29 
 
 
675 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.38 
 
 
628 aa  193  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  28.86 
 
 
674 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  28.06 
 
 
675 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.1 
 
 
636 aa  182  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.85 
 
 
656 aa  182  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  28.91 
 
 
674 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  27.35 
 
 
677 aa  180  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.41 
 
 
683 aa  178  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.9 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.9 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.9 
 
 
677 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.67 
 
 
621 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.9 
 
 
677 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.19 
 
 
708 aa  175  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.57 
 
 
677 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.57 
 
 
677 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.57 
 
 
677 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.23 
 
 
656 aa  172  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.35 
 
 
737 aa  170  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.11 
 
 
761 aa  168  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.53 
 
 
762 aa  168  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29 
 
 
700 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.73 
 
 
670 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.27 
 
 
662 aa  161  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.64 
 
 
662 aa  160  6e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.96 
 
 
666 aa  158  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.04 
 
 
677 aa  158  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.29 
 
 
691 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.26 
 
 
748 aa  153  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.33 
 
 
635 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  28.06 
 
 
681 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  27.84 
 
 
688 aa  148  3e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.21 
 
 
701 aa  148  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  27.57 
 
 
682 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.76 
 
 
649 aa  147  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.14 
 
 
723 aa  146  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  30.04 
 
 
715 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.15 
 
 
731 aa  143  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.61 
 
 
677 aa  143  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.24 
 
 
632 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  27.12 
 
 
689 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.64 
 
 
702 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.64 
 
 
706 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.87 
 
 
647 aa  141  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  24.23 
 
 
658 aa  141  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.24 
 
 
687 aa  140  7.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.36 
 
 
683 aa  139  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.28 
 
 
705 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.2 
 
 
639 aa  138  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.97 
 
 
649 aa  137  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.73 
 
 
586 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  24.69 
 
 
717 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.55 
 
 
634 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  29.29 
 
 
743 aa  137  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  25.14 
 
 
694 aa  137  8e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.43 
 
 
703 aa  136  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  30.46 
 
 
700 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.94 
 
 
706 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  25.17 
 
 
689 aa  135  3e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  26.2 
 
 
697 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.36 
 
 
657 aa  134  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  28.37 
 
 
707 aa  134  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  27.57 
 
 
707 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.66 
 
 
707 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.45 
 
 
739 aa  132  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.99 
 
 
706 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.56 
 
 
634 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.76 
 
 
671 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6905  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.6 
 
 
682 aa  126  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.49 
 
 
706 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.25 
 
 
705 aa  124  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  27.03 
 
 
595 aa  123  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.43 
 
 
688 aa  121  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.68 
 
 
725 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  26.96 
 
 
639 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.95 
 
 
757 aa  118  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.62 
 
 
641 aa  117  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.23 
 
 
692 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.42 
 
 
663 aa  114  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3943  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.58 
 
 
666 aa  114  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.386566  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  29.68 
 
 
577 aa  114  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.91 
 
 
852 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.67 
 
 
688 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.98 
 
 
930 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2587  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.79 
 
 
663 aa  110  7.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  33.01 
 
 
859 aa  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.77 
 
 
883 aa  108  3e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.6 
 
 
901 aa  107  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.76 
 
 
641 aa  106  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  34.67 
 
 
854 aa  105  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  28.6 
 
 
639 aa  104  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.95 
 
 
689 aa  104  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  34.22 
 
 
859 aa  104  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.93 
 
 
674 aa  103  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>