More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0994 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  100 
 
 
639 aa  1230    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.56 
 
 
621 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.34 
 
 
586 aa  281  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.69 
 
 
683 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.17 
 
 
677 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.28 
 
 
677 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.06 
 
 
677 aa  270  5e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.06 
 
 
677 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.06 
 
 
677 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.03 
 
 
656 aa  268  2e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.94 
 
 
677 aa  266  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.94 
 
 
677 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.94 
 
 
677 aa  265  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.99 
 
 
647 aa  263  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.51 
 
 
656 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.48 
 
 
649 aa  261  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  34.91 
 
 
682 aa  259  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.96 
 
 
641 aa  259  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.69 
 
 
641 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.51 
 
 
636 aa  258  3e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  32.76 
 
 
674 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  33.28 
 
 
677 aa  256  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.39 
 
 
675 aa  256  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.76 
 
 
628 aa  254  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.03 
 
 
657 aa  252  1e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.86 
 
 
683 aa  250  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  34.24 
 
 
674 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  35.54 
 
 
658 aa  247  4e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  30.52 
 
 
675 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.65 
 
 
639 aa  243  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.98 
 
 
662 aa  241  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.1 
 
 
688 aa  239  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.92 
 
 
739 aa  239  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.9 
 
 
662 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.19 
 
 
706 aa  239  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.61 
 
 
723 aa  238  4e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.99 
 
 
632 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  35.47 
 
 
595 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.76 
 
 
703 aa  230  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.87 
 
 
649 aa  229  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.34 
 
 
700 aa  229  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  31.59 
 
 
694 aa  225  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.59 
 
 
687 aa  224  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  33.66 
 
 
715 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.32 
 
 
731 aa  222  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.39 
 
 
701 aa  221  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.64 
 
 
677 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  31.07 
 
 
705 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.72 
 
 
702 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
705 aa  218  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.51 
 
 
706 aa  217  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  32.82 
 
 
697 aa  216  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.13 
 
 
706 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.23 
 
 
634 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.57 
 
 
717 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.61 
 
 
691 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.56 
 
 
737 aa  213  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.1 
 
 
635 aa  212  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.31 
 
 
706 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  33.46 
 
 
639 aa  212  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.21 
 
 
634 aa  211  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.26 
 
 
692 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  30.97 
 
 
688 aa  204  3e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.75 
 
 
688 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.39 
 
 
757 aa  201  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  29.57 
 
 
689 aa  198  2.0000000000000003e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.4 
 
 
689 aa  198  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3943  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.06 
 
 
666 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.386566  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  34.38 
 
 
743 aa  197  5.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  30.15 
 
 
681 aa  196  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  33.59 
 
 
707 aa  192  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  33.33 
 
 
707 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.53 
 
 
725 aa  191  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  33.33 
 
 
689 aa  190  5.999999999999999e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  35.55 
 
 
700 aa  188  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 
707 aa  187  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.01 
 
 
663 aa  186  1.0000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.05 
 
 
708 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.71 
 
 
724 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  36.45 
 
 
577 aa  179  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.73 
 
 
789 aa  177  6e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2587  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.46 
 
 
663 aa  177  6e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.63 
 
 
671 aa  176  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.13 
 
 
798 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  38.46 
 
 
432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.75 
 
 
670 aa  173  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.64 
 
 
674 aa  172  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.31 
 
 
726 aa  172  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.86 
 
 
895 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.53 
 
 
901 aa  164  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.58 
 
 
748 aa  164  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.11 
 
 
852 aa  163  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.76 
 
 
866 aa  161  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.75 
 
 
865 aa  160  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.44 
 
 
855 aa  160  8e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  41.23 
 
 
859 aa  159  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  37.11 
 
 
883 aa  158  3e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.71 
 
 
930 aa  158  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  41.63 
 
 
927 aa  158  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.89 
 
 
882 aa  158  4e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>