More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1062 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
726 aa  1434    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  49.36 
 
 
681 aa  584  1.0000000000000001e-165  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.53 
 
 
671 aa  585  1.0000000000000001e-165  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.34 
 
 
691 aa  436  1e-120  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  39.44 
 
 
689 aa  406  1.0000000000000001e-112  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  40.92 
 
 
688 aa  398  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.62 
 
 
737 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  40.24 
 
 
689 aa  387  1e-106  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.35 
 
 
706 aa  381  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.97 
 
 
657 aa  374  1e-102  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.5 
 
 
656 aa  369  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.94 
 
 
656 aa  359  9e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  36.28 
 
 
859 aa  357  2.9999999999999997e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  36.45 
 
 
682 aa  339  9e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.6 
 
 
662 aa  330  7e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.16 
 
 
683 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.16 
 
 
628 aa  325  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.83 
 
 
688 aa  323  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.93 
 
 
700 aa  317  6e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  32.09 
 
 
658 aa  313  5.999999999999999e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.8 
 
 
687 aa  306  8.000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  34.06 
 
 
694 aa  306  9.000000000000001e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.02 
 
 
649 aa  304  4.0000000000000003e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.02 
 
 
683 aa  301  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.02 
 
 
724 aa  299  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.1 
 
 
675 aa  298  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 
677 aa  297  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 
677 aa  297  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 
677 aa  297  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 
677 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.74 
 
 
621 aa  294  5e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.75 
 
 
677 aa  291  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  35.07 
 
 
674 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.64 
 
 
677 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.64 
 
 
677 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.64 
 
 
677 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  34.28 
 
 
675 aa  280  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.75 
 
 
662 aa  277  4e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  33.59 
 
 
677 aa  277  6e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.25 
 
 
855 aa  276  8e-73  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.3 
 
 
636 aa  271  4e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.68 
 
 
703 aa  270  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.27 
 
 
882 aa  270  8.999999999999999e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  33.97 
 
 
674 aa  269  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.2 
 
 
883 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.11 
 
 
635 aa  260  7e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.68 
 
 
677 aa  256  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  40.72 
 
 
859 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.75 
 
 
739 aa  254  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  40.72 
 
 
927 aa  251  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.75 
 
 
862 aa  252  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.37 
 
 
701 aa  252  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.53 
 
 
882 aa  251  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.05 
 
 
866 aa  250  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.13 
 
 
717 aa  250  8e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  39.84 
 
 
854 aa  249  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  39.45 
 
 
877 aa  248  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.2 
 
 
870 aa  247  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.07 
 
 
723 aa  246  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.65 
 
 
692 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.13 
 
 
706 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.22 
 
 
647 aa  245  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.35 
 
 
705 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.08 
 
 
634 aa  241  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.27 
 
 
702 aa  239  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.21 
 
 
634 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  32.64 
 
 
705 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  30.82 
 
 
697 aa  238  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.47 
 
 
706 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.43 
 
 
865 aa  235  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.74 
 
 
891 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.31 
 
 
852 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  39.06 
 
 
884 aa  233  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.44 
 
 
708 aa  232  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.31 
 
 
649 aa  231  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.64 
 
 
865 aa  230  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.31 
 
 
868 aa  230  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.67 
 
 
865 aa  230  8e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.55 
 
 
688 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.88 
 
 
731 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.93 
 
 
930 aa  229  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.39 
 
 
639 aa  228  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.81 
 
 
706 aa  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.29 
 
 
670 aa  226  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  30.03 
 
 
743 aa  225  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  47.12 
 
 
927 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.1 
 
 
689 aa  224  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.45 
 
 
757 aa  222  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.32 
 
 
884 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  33.45 
 
 
715 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.94 
 
 
641 aa  217  5.9999999999999996e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30 
 
 
641 aa  217  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.63 
 
 
632 aa  209  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31 
 
 
586 aa  208  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.3 
 
 
837 aa  204  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.88 
 
 
725 aa  203  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  27.39 
 
 
707 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  35.75 
 
 
432 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.56 
 
 
901 aa  200  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  27.32 
 
 
707 aa  198  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>