More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0663 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  57.06 
 
 
682 aa  705    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
688 aa  1352    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.68 
 
 
683 aa  687    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.14 
 
 
739 aa  498  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.76 
 
 
656 aa  444  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.8 
 
 
656 aa  432  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.5 
 
 
628 aa  427  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.29 
 
 
657 aa  393  1e-108  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.62 
 
 
677 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.82 
 
 
677 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.82 
 
 
677 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.67 
 
 
677 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.67 
 
 
677 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.22 
 
 
675 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.02 
 
 
662 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  36.61 
 
 
677 aa  378  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.51 
 
 
677 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.66 
 
 
677 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.66 
 
 
677 aa  375  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.88 
 
 
683 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  36.93 
 
 
674 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.52 
 
 
687 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  34.93 
 
 
658 aa  367  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  34.4 
 
 
694 aa  363  8e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.5 
 
 
700 aa  362  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  36.46 
 
 
675 aa  359  9e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.91 
 
 
636 aa  355  1e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.3 
 
 
701 aa  353  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  38.71 
 
 
674 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  35.38 
 
 
689 aa  348  2e-94  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.95 
 
 
724 aa  347  3e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.29 
 
 
737 aa  345  1e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.58 
 
 
649 aa  342  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.3 
 
 
708 aa  342  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.97 
 
 
726 aa  340  8e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.57 
 
 
691 aa  337  5e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.04 
 
 
662 aa  335  1e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.63 
 
 
621 aa  333  5e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.14 
 
 
706 aa  333  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.68 
 
 
706 aa  329  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.94 
 
 
706 aa  327  6e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  35.37 
 
 
705 aa  325  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.05 
 
 
702 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  32.72 
 
 
688 aa  322  9.999999999999999e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.17 
 
 
705 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  36.51 
 
 
697 aa  317  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  32.44 
 
 
689 aa  311  2e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.39 
 
 
671 aa  309  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  34.58 
 
 
681 aa  308  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.72 
 
 
706 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  32.65 
 
 
854 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  37.58 
 
 
743 aa  304  4.0000000000000003e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.89 
 
 
677 aa  303  8.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.72 
 
 
717 aa  302  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.34 
 
 
634 aa  300  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.79 
 
 
635 aa  298  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  32.59 
 
 
927 aa  297  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  36.83 
 
 
715 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.76 
 
 
641 aa  289  9e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.32 
 
 
731 aa  289  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.74 
 
 
703 aa  289  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.09 
 
 
647 aa  286  8e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.82 
 
 
757 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  31.67 
 
 
884 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.84 
 
 
586 aa  284  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.98 
 
 
670 aa  284  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.46 
 
 
723 aa  280  8e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.28 
 
 
634 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.15 
 
 
725 aa  273  9e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  30.75 
 
 
859 aa  272  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.19 
 
 
649 aa  270  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  30.94 
 
 
859 aa  267  5.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.84 
 
 
632 aa  266  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.7 
 
 
865 aa  259  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.51 
 
 
641 aa  258  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.82 
 
 
848 aa  254  5.000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.5 
 
 
639 aa  250  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.86 
 
 
748 aa  243  1e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.2 
 
 
692 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  30.73 
 
 
639 aa  240  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.67 
 
 
891 aa  239  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.9 
 
 
862 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.79 
 
 
762 aa  236  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.05 
 
 
688 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.19 
 
 
865 aa  234  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.54 
 
 
930 aa  234  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  31.76 
 
 
707 aa  233  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.61 
 
 
761 aa  233  9e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  41.05 
 
 
877 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  30.46 
 
 
707 aa  233  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.33 
 
 
689 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.77 
 
 
870 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  32.36 
 
 
639 aa  231  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.28 
 
 
866 aa  231  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.17 
 
 
852 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.18 
 
 
882 aa  227  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.09 
 
 
837 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  44.65 
 
 
883 aa  224  3e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.62 
 
 
855 aa  224  3e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.82 
 
 
677 aa  224  6e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>