More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1251 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  53.51 
 
 		 859 aa  874    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  51.92 
 
 		 877 aa  808    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.85 
 
 		 866 aa  809    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.54 
 
 		 930 aa  697    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.8 
 
 		 852 aa  823    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.77 
 
 		 882 aa  791    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  53.43 
 
 		 927 aa  877    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.23 
 
 		 865 aa  722    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  53.1 
 
 		 859 aa  878    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.82 
 
 		 862 aa  993    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  53.86 
 
 		 854 aa  864    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.89 
 
 		 884 aa  701    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  48.01 
 
 		 927 aa  691    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.37 
 
 		 870 aa  778    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  51.61 
 
 		 884 aa  800    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.36 
 
 		 865 aa  835    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 		 865 aa  1717    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.96 
 
 		 891 aa  837    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.43 
 
 		 837 aa  720    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.27 
 
 		 868 aa  801    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.35 
 
 		 882 aa  558  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.38 
 
 		 855 aa  541  9.999999999999999e-153  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.65 
 
 		 883 aa  534  1e-150  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.37 
 
 		 737 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.1 
 
 		 677 aa  325  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.72 
 
 		 683 aa  324  5e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.52 
 
 		 724 aa  317  6e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  33.82 
 
 		 677 aa  311  5e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.29 
 
 		 677 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.29 
 
 		 677 aa  310  8e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.58 
 
 		 677 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.01 
 
 		 691 aa  306  9.000000000000001e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.76 
 
 		 677 aa  303  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.76 
 
 		 677 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.62 
 
 		 677 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.62 
 
 		 677 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 		 703 aa  293  8e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  47.16 
 
 		 689 aa  289  2e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  33.19 
 
 		 674 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  46.89 
 
 		 689 aa  287  5.999999999999999e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  32.22 
 
 		 675 aa  280  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.66 
 
 		 705 aa  280  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.62 
 
 		 701 aa  278  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  46.73 
 
 		 688 aa  278  4e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.08 
 
 		 706 aa  275  3e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.51 
 
 		 789 aa  274  5.000000000000001e-72  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  33.89 
 
 		 674 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.42 
 
 		 656 aa  263  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.94 
 
 		 671 aa  249  2e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.9 
 
 		 761 aa  247  6e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.2 
 
 		 657 aa  238  3e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  40.16 
 
 		 681 aa  237  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.4 
 
 		 762 aa  235  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.19 
 
 		 688 aa  234  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.42 
 
 		 656 aa  234  7.000000000000001e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.67 
 
 		 726 aa  230  1e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.38 
 
 		 700 aa  224  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.75 
 
 		 708 aa  216  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.71 
 
 		 636 aa  216  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.23 
 
 		 675 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.43 
 
 		 628 aa  211  7e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.86 
 
 		 621 aa  210  7e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.94 
 
 		 677 aa  209  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.43 
 
 		 649 aa  208  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.14 
 
 		 706 aa  207  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  34.57 
 
 		 682 aa  206  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.96 
 
 		 723 aa  205  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.92 
 
 		 687 aa  206  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  34.34 
 
 		 658 aa  205  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.45 
 
 		 739 aa  204  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  38.92 
 
 		 694 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.1 
 
 		 662 aa  202  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.22 
 
 		 683 aa  201  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  37.8 
 
 		 432 aa  201  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.93 
 
 		 717 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.48 
 
 		 634 aa  198  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.74 
 
 		 706 aa  198  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  39.19 
 
 		 715 aa  196  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.66 
 
 		 634 aa  196  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.03 
 
 		 635 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.52 
 
 		 662 aa  192  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.64 
 
 		 707 aa  189  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.64 
 
 		 901 aa  184  7e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.26 
 
 		 702 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.45 
 
 		 731 aa  181  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.98 
 
 		 757 aa  180  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  39.42 
 
 		 743 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2327  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.53 
 
 		 952 aa  175  2.9999999999999996e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.648289 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  38.96 
 
 		 705 aa  173  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.96 
 
 		 364 aa  173  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.81 
 
 		 641 aa  171  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  36.07 
 
 		 707 aa  171  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35.71 
 
 		 707 aa  169  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.86 
 
 		 895 aa  168  4e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.08 
 
 		 649 aa  164  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.28 
 
 		 632 aa  162  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.99 
 
 		 641 aa  162  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2390  TRAP transporter transmembrane protein  25.62 
 
 		 787 aa  158  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000459268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.22 
 
 		 670 aa  155  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.29 
 
 		 725 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>