More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3955 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.6 
 
 		 677 aa  1027    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  100 
 
 		 675 aa  1332    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  75.45 
 
 		 677 aa  999    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  74.1 
 
 		 677 aa  998    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  59.02 
 
 		 705 aa  690    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.45 
 
 		 677 aa  1024    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.45 
 
 		 677 aa  1026    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.24 
 
 		 701 aa  706    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.14 
 
 		 706 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.21 
 
 		 702 aa  702    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.7 
 
 		 700 aa  749    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.17 
 
 		 705 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  53.37 
 
 		 697 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  78.95 
 
 		 675 aa  1059    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.74 
 
 		 706 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.6 
 
 		 677 aa  1027    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  65.13 
 
 		 677 aa  780    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.27 
 
 		 708 aa  723    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  74.4 
 
 		 677 aa  999    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  74.25 
 
 		 677 aa  999    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.15 
 
 		 683 aa  1025    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  83.23 
 
 		 674 aa  1102    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  83.23 
 
 		 674 aa  1057    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  75.3 
 
 		 677 aa  1026    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.89 
 
 		 706 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.38 
 
 		 656 aa  438  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.62 
 
 		 656 aa  434  1e-120  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.81 
 
 		 628 aa  435  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.77 
 
 		 657 aa  409  1e-113  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  37.22 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.72 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.24 
 
 		 636 aa  365  1e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  39.31 
 
 		 694 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.14 
 
 		 687 aa  357  3.9999999999999996e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.02 
 
 		 703 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.67 
 
 		 649 aa  355  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.75 
 
 		 364 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.18 
 
 		 662 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.38 
 
 		 662 aa  339  8e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.19 
 
 		 737 aa  337  5e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.96 
 
 		 683 aa  336  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.78 
 
 		 621 aa  336  9e-91  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.13 
 
 		 706 aa  336  9e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  38.21 
 
 		 715 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  34.52 
 
 		 859 aa  333  8e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  36.82 
 
 		 682 aa  332  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  34.87 
 
 		 927 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.6 
 
 		 688 aa  325  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  58.82 
 
 		 316 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.64 
 
 		 723 aa  325  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.06 
 
 		 691 aa  323  8e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.39 
 
 		 789 aa  311  2e-83  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  36.14 
 
 		 688 aa  311  2.9999999999999997e-83  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.57 
 
 		 731 aa  306  7e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.73 
 
 		 757 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.22 
 
 		 635 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  33.61 
 
 		 681 aa  303  8.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.8 
 
 		 717 aa  303  9e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.92 
 
 		 647 aa  302  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.67 
 
 		 641 aa  303  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  36.33 
 
 		 689 aa  301  3e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.95 
 
 		 739 aa  300  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.44 
 
 		 649 aa  298  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  36.62 
 
 		 689 aa  297  5e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.3 
 
 		 634 aa  296  7e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  38.05 
 
 		 743 aa  296  8e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.12 
 
 		 634 aa  294  4e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.31 
 
 		 632 aa  291  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.74 
 
 		 725 aa  291  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.45 
 
 		 670 aa  279  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.7 
 
 		 671 aa  278  2e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.08 
 
 		 641 aa  261  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.28 
 
 		 726 aa  258  2e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.52 
 
 		 586 aa  258  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  39.54 
 
 		 859 aa  242  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.65 
 
 		 761 aa  241  2.9999999999999997e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.4 
 
 		 688 aa  241  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  30.68 
 
 		 639 aa  238  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33 
 
 		 692 aa  237  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  33.7 
 
 		 707 aa  236  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.32 
 
 		 707 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  39.83 
 
 		 854 aa  234  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  33.48 
 
 		 707 aa  234  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  34.27 
 
 		 639 aa  228  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.94 
 
 		 762 aa  227  4e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.94 
 
 		 862 aa  225  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.03 
 
 		 852 aa  225  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.57 
 
 		 865 aa  225  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.15 
 
 		 748 aa  225  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  33.33 
 
 		 700 aa  226  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.07 
 
 		 677 aa  224  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.49 
 
 		 901 aa  221  3.9999999999999997e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.19 
 
 		 689 aa  220  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  37.05 
 
 		 432 aa  219  8.999999999999998e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  44.94 
 
 		 927 aa  219  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.7 
 
 		 866 aa  219  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  39.66 
 
 		 877 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.49 
 
 		 930 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.24 
 
 		 837 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.37 
 
 		 870 aa  218  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>