128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0269 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  100 
 
 
316 aa  597  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  99.37 
 
 
705 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  88.92 
 
 
702 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.13 
 
 
683 aa  359  3e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  59.81 
 
 
674 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  58.23 
 
 
677 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  60.32 
 
 
674 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.86 
 
 
677 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.86 
 
 
677 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.86 
 
 
677 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.54 
 
 
677 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.24 
 
 
677 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.41 
 
 
677 aa  346  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.1 
 
 
677 aa  345  8e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.1 
 
 
677 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.66 
 
 
675 aa  343  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  58.65 
 
 
675 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.55 
 
 
708 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.33 
 
 
700 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.23 
 
 
701 aa  291  8e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.45 
 
 
677 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  50.32 
 
 
705 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.69 
 
 
706 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.8 
 
 
706 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.48 
 
 
706 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  46.67 
 
 
697 aa  232  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  43.39 
 
 
658 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.69 
 
 
628 aa  163  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.82 
 
 
724 aa  148  9e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.63 
 
 
656 aa  146  6e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.42 
 
 
656 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.78 
 
 
687 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  43.24 
 
 
694 aa  138  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.8 
 
 
657 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.63 
 
 
882 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.31 
 
 
891 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.9 
 
 
837 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.35 
 
 
868 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  37 
 
 
884 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  36.4 
 
 
877 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.62 
 
 
865 aa  125  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.42 
 
 
670 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.91 
 
 
662 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.96 
 
 
870 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.5 
 
 
647 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.97 
 
 
737 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.5 
 
 
706 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.76 
 
 
662 aa  119  9e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.12 
 
 
636 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31 
 
 
632 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.31 
 
 
862 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.58 
 
 
884 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.42 
 
 
866 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.76 
 
 
789 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.55 
 
 
930 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.91 
 
 
882 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  40.8 
 
 
854 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.51 
 
 
723 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  34.17 
 
 
859 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.16 
 
 
703 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35.62 
 
 
859 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.63 
 
 
639 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  35.04 
 
 
927 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  37.1 
 
 
639 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  34.68 
 
 
715 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.57 
 
 
692 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  35.45 
 
 
743 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.09 
 
 
852 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  32.48 
 
 
883 aa  107  4e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.47 
 
 
848 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.46 
 
 
865 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.57 
 
 
688 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40 
 
 
689 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.78 
 
 
865 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.09 
 
 
621 aa  106  7e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  35.69 
 
 
682 aa  105  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.71 
 
 
635 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.47 
 
 
691 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  35.19 
 
 
689 aa  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.39 
 
 
725 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.43 
 
 
649 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.36 
 
 
731 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  37.5 
 
 
927 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  31.92 
 
 
681 aa  102  9e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.47 
 
 
748 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.92 
 
 
671 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.92 
 
 
683 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.63 
 
 
634 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.43 
 
 
649 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.09 
 
 
761 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2521  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.85 
 
 
790 aa  97.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.99 
 
 
855 aa  97.1  4e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.18 
 
 
757 aa  96.3  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.16 
 
 
717 aa  96.3  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  31.68 
 
 
689 aa  94.4  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  32.41 
 
 
688 aa  94.4  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.41 
 
 
634 aa  94  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.85 
 
 
762 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.32 
 
 
586 aa  92.8  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.24 
 
 
641 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>