More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4399 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  54.17 
 
 		 675 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  52.75 
 
 		 677 aa  651    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.14 
 
 		 677 aa  673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.93 
 
 		 675 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.89 
 
 		 677 aa  676    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.74 
 
 		 702 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  53.91 
 
 		 705 aa  651    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  83.03 
 
 		 706 aa  1138    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.62 
 
 		 700 aa  671    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 		 705 aa  1387    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  54.33 
 
 		 674 aa  658    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  84.58 
 
 		 706 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.82 
 
 		 701 aa  650    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.74 
 
 		 677 aa  676    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  82.76 
 
 		 697 aa  1085    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.83 
 
 		 677 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  83.59 
 
 		 706 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.12 
 
 		 708 aa  712    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.26 
 
 		 677 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.26 
 
 		 677 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.84 
 
 		 683 aa  679    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  54.57 
 
 		 674 aa  686    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.7 
 
 		 677 aa  656    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.74 
 
 		 677 aa  676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.17 
 
 		 677 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.3 
 
 		 656 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.42 
 
 		 628 aa  414  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.68 
 
 		 657 aa  389  1e-106  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.33 
 
 		 656 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  38 
 
 		 658 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.15 
 
 		 724 aa  361  2e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.63 
 
 		 364 aa  349  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.39 
 
 		 687 aa  348  2e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  38.03 
 
 		 694 aa  346  7e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.03 
 
 		 703 aa  341  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  37.37 
 
 		 682 aa  335  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.11 
 
 		 636 aa  334  3e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.13 
 
 		 662 aa  331  2e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.08 
 
 		 662 aa  332  2e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.91 
 
 		 683 aa  328  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.36 
 
 		 691 aa  327  5e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.43 
 
 		 737 aa  325  1e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.87 
 
 		 723 aa  315  1.9999999999999998e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  35.7 
 
 		 689 aa  313  4.999999999999999e-84  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.69 
 
 		 649 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  32.02 
 
 		 859 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.78 
 
 		 621 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  31.92 
 
 		 927 aa  304  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.9 
 
 		 706 aa  305  3.0000000000000004e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.23 
 
 		 688 aa  302  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  38.46 
 
 		 715 aa  301  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.67 
 
 		 647 aa  298  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.15 
 
 		 837 aa  296  9e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.93 
 
 		 717 aa  295  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.32 
 
 		 739 aa  295  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.66 
 
 		 865 aa  294  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.49 
 
 		 862 aa  291  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  34.28 
 
 		 688 aa  288  2e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.41 
 
 		 789 aa  288  2.9999999999999996e-76  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.1 
 
 		 731 aa  283  7.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  37.89 
 
 		 743 aa  283  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.44 
 
 		 635 aa  282  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.96 
 
 		 670 aa  279  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.03 
 
 		 855 aa  279  1e-73  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.55 
 
 		 865 aa  278  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.76 
 
 		 641 aa  277  5e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 		 725 aa  273  8.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.85 
 
 		 649 aa  272  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  49.68 
 
 		 316 aa  271  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.73 
 
 		 757 aa  271  4e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  31.19 
 
 		 681 aa  264  4e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.05 
 
 		 634 aa  262  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.95 
 
 		 671 aa  260  6e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.06 
 
 		 634 aa  254  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.89 
 
 		 692 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.6 
 
 		 688 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.35 
 
 		 726 aa  239  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.79 
 
 		 632 aa  238  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  39.88 
 
 		 689 aa  235  2.0000000000000002e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  37.74 
 
 		 859 aa  235  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.94 
 
 		 641 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.73 
 
 		 930 aa  229  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  39.87 
 
 		 854 aa  226  8e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.14 
 
 		 586 aa  224  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.84 
 
 		 761 aa  223  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  31.95 
 
 		 639 aa  223  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.99 
 
 		 689 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.63 
 
 		 884 aa  221  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  43.66 
 
 		 927 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.99 
 
 		 866 aa  218  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.75 
 
 		 882 aa  217  7e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.32 
 
 		 748 aa  216  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  34 
 
 		 707 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  34 
 
 		 707 aa  216  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.6 
 
 		 677 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.44 
 
 		 762 aa  216  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.95 
 
 		 707 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.92 
 
 		 852 aa  211  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.42 
 
 		 868 aa  210  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.59 
 
 		 883 aa  210  7e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>