More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0847 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  85.25 
 
 
432 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
635 aa  1255    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  64.63 
 
 
634 aa  707    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  64.52 
 
 
634 aa  709    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.64 
 
 
656 aa  373  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.05 
 
 
636 aa  374  1e-102  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.19 
 
 
628 aa  366  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.36 
 
 
621 aa  337  5e-91  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.83 
 
 
657 aa  336  7e-91  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.06 
 
 
662 aa  333  5e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.91 
 
 
656 aa  327  3e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  36.75 
 
 
658 aa  327  6e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.26 
 
 
687 aa  325  1e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  34.82 
 
 
694 aa  320  7e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.33 
 
 
677 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.65 
 
 
649 aa  319  1e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.51 
 
 
662 aa  314  3.9999999999999997e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  34.35 
 
 
677 aa  312  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.03 
 
 
677 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.03 
 
 
677 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.87 
 
 
677 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.53 
 
 
717 aa  312  1e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.99 
 
 
706 aa  312  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.03 
 
 
677 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.91 
 
 
677 aa  311  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.49 
 
 
677 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.49 
 
 
677 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.01 
 
 
683 aa  307  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.79 
 
 
675 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.23 
 
 
708 aa  303  6.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.92 
 
 
724 aa  302  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  34.94 
 
 
743 aa  300  7e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.16 
 
 
731 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.75 
 
 
691 aa  297  4e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.39 
 
 
737 aa  296  7e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  32.9 
 
 
674 aa  296  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  32.01 
 
 
675 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.42 
 
 
641 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  37.58 
 
 
715 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.85 
 
 
683 aa  291  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.97 
 
 
632 aa  291  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.65 
 
 
723 aa  289  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  33.23 
 
 
674 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.87 
 
 
700 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  33.22 
 
 
682 aa  285  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  33.94 
 
 
689 aa  283  7.000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  33.43 
 
 
681 aa  281  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 
670 aa  281  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32 
 
 
702 aa  279  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.17 
 
 
703 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.27 
 
 
647 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  36.05 
 
 
700 aa  273  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  31.72 
 
 
689 aa  273  5.000000000000001e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  31.95 
 
 
688 aa  273  6e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  31.66 
 
 
705 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.24 
 
 
706 aa  271  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.09 
 
 
649 aa  271  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.62 
 
 
701 aa  270  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.34 
 
 
757 aa  270  7e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.79 
 
 
688 aa  268  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.83 
 
 
706 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
706 aa  267  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  35.76 
 
 
707 aa  267  5e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35.33 
 
 
707 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.84 
 
 
705 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.22 
 
 
586 aa  262  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.74 
 
 
739 aa  261  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.15 
 
 
641 aa  261  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.34 
 
 
707 aa  260  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.53 
 
 
677 aa  259  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.46 
 
 
725 aa  258  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  33.1 
 
 
697 aa  257  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.44 
 
 
671 aa  254  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.3 
 
 
688 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  39.22 
 
 
595 aa  240  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.41 
 
 
639 aa  238  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.48 
 
 
692 aa  237  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  41.82 
 
 
577 aa  236  7e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.11 
 
 
865 aa  233  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.66 
 
 
726 aa  230  8e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.73 
 
 
689 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.45 
 
 
761 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.11 
 
 
855 aa  219  8.999999999999998e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.02 
 
 
852 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  39.33 
 
 
859 aa  216  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  39.02 
 
 
927 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.94 
 
 
901 aa  212  2e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.35 
 
 
930 aa  212  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.48 
 
 
798 aa  210  5e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.59 
 
 
891 aa  210  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  38.04 
 
 
859 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.28 
 
 
870 aa  209  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.17 
 
 
882 aa  207  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  37.98 
 
 
877 aa  207  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  31.64 
 
 
639 aa  206  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  38.41 
 
 
854 aa  206  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.49 
 
 
882 aa  204  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.5 
 
 
895 aa  204  5e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.97 
 
 
883 aa  204  5e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.26 
 
 
866 aa  203  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>