More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0467 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
670 aa  1336    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.08 
 
 
761 aa  521  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.1 
 
 
762 aa  499  1e-140  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.48 
 
 
748 aa  431  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.19 
 
 
656 aa  370  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.01 
 
 
677 aa  363  8e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.14 
 
 
656 aa  359  8e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6905  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.45 
 
 
682 aa  358  9.999999999999999e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.61 
 
 
657 aa  353  8e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.72 
 
 
666 aa  345  1e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.21 
 
 
628 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.7 
 
 
662 aa  317  7e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.13 
 
 
649 aa  312  1e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  30.85 
 
 
658 aa  310  4e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.35 
 
 
677 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31 
 
 
677 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.22 
 
 
717 aa  303  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.85 
 
 
677 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.85 
 
 
677 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.52 
 
 
636 aa  302  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31 
 
 
677 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.57 
 
 
691 aa  302  1e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.97 
 
 
675 aa  302  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.8 
 
 
700 aa  299  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.16 
 
 
662 aa  299  1e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.39 
 
 
683 aa  298  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  32.46 
 
 
682 aa  296  6e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  30.35 
 
 
674 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  30.85 
 
 
677 aa  296  9e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 
677 aa  295  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 
677 aa  295  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.79 
 
 
737 aa  294  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.51 
 
 
635 aa  293  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.21 
 
 
621 aa  293  9e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  32.45 
 
 
689 aa  292  1e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.53 
 
 
677 aa  293  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  31.45 
 
 
675 aa  290  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  31.37 
 
 
688 aa  287  4e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  31.26 
 
 
689 aa  285  2.0000000000000002e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.38 
 
 
683 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  31.59 
 
 
694 aa  282  1e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.85 
 
 
687 aa  283  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  30.06 
 
 
674 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.71 
 
 
634 aa  278  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.85 
 
 
701 aa  278  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.72 
 
 
702 aa  278  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.14 
 
 
862 aa  272  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.88 
 
 
634 aa  272  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.52 
 
 
706 aa  270  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.43 
 
 
703 aa  269  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.96 
 
 
705 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.42 
 
 
708 aa  267  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  33.45 
 
 
743 aa  266  8.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  32.51 
 
 
697 aa  266  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  29.97 
 
 
705 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.96 
 
 
706 aa  263  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.95 
 
 
647 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.28 
 
 
723 aa  262  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  32.9 
 
 
715 aa  261  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 
688 aa  260  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.45 
 
 
706 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.34 
 
 
706 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.9 
 
 
724 aa  252  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.54 
 
 
731 aa  249  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.67 
 
 
739 aa  249  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.25 
 
 
757 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.38 
 
 
677 aa  246  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.48 
 
 
671 aa  243  1e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.79 
 
 
725 aa  242  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.92 
 
 
692 aa  241  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.12 
 
 
632 aa  237  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  26.76 
 
 
882 aa  233  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.07 
 
 
688 aa  230  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.7 
 
 
649 aa  229  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.33 
 
 
855 aa  228  3e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.55 
 
 
641 aa  226  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  26.49 
 
 
884 aa  226  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.09 
 
 
689 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.32 
 
 
639 aa  220  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  27.95 
 
 
681 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.79 
 
 
586 aa  216  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.29 
 
 
726 aa  214  4.9999999999999996e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.55 
 
 
641 aa  213  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0641  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.87 
 
 
685 aa  207  7e-52  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  32.73 
 
 
432 aa  206  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2390  TRAP transporter transmembrane protein  29.76 
 
 
787 aa  203  6e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000459268  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.42 
 
 
707 aa  197  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  27.76 
 
 
707 aa  194  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  30.59 
 
 
859 aa  192  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  27.36 
 
 
707 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  25.75 
 
 
639 aa  187  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  30.68 
 
 
854 aa  188  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  30.06 
 
 
859 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  29.78 
 
 
927 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  25.55 
 
 
674 aa  182  2e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.42 
 
 
865 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0208  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.73 
 
 
672 aa  181  5.999999999999999e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.702007 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.28 
 
 
884 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.97 
 
 
883 aa  177  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.82 
 
 
868 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>