More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1088 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  64.49 
 
 
586 aa  735    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  100 
 
 
595 aa  1142    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.76 
 
 
628 aa  300  5e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.45 
 
 
657 aa  299  1e-79  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.25 
 
 
656 aa  292  9e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.92 
 
 
636 aa  288  2e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.1 
 
 
683 aa  283  7.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  35.01 
 
 
682 aa  282  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.34 
 
 
662 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.36 
 
 
621 aa  278  2e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.45 
 
 
635 aa  278  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.67 
 
 
649 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.71 
 
 
662 aa  269  1e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.28 
 
 
647 aa  268  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.33 
 
 
656 aa  265  2e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.6 
 
 
634 aa  262  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.43 
 
 
731 aa  261  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.16 
 
 
687 aa  259  8e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.63 
 
 
723 aa  259  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  35.16 
 
 
694 aa  258  2e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.15 
 
 
634 aa  258  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.39 
 
 
677 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  34.5 
 
 
658 aa  258  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  35.9 
 
 
639 aa  258  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  35.22 
 
 
675 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38 
 
 
641 aa  257  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  36.83 
 
 
715 aa  256  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  35.77 
 
 
743 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.59 
 
 
703 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.97 
 
 
717 aa  254  3e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  32.69 
 
 
674 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.04 
 
 
675 aa  251  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.81 
 
 
677 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.81 
 
 
677 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.29 
 
 
677 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.81 
 
 
677 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  34.36 
 
 
674 aa  251  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.19 
 
 
739 aa  250  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.19 
 
 
632 aa  249  8e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.2 
 
 
677 aa  247  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.2 
 
 
677 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.2 
 
 
677 aa  246  8e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.37 
 
 
725 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.56 
 
 
688 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  33 
 
 
677 aa  243  7e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.8 
 
 
641 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.08 
 
 
700 aa  240  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.48 
 
 
649 aa  240  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.42 
 
 
706 aa  238  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.74 
 
 
691 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.43 
 
 
683 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.27 
 
 
677 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.42 
 
 
639 aa  232  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.39 
 
 
708 aa  230  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.87 
 
 
702 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.74 
 
 
737 aa  229  9e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.17 
 
 
757 aa  226  9e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  32.46 
 
 
705 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  30.09 
 
 
689 aa  223  6e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.74 
 
 
671 aa  223  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  39.62 
 
 
700 aa  219  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  31.4 
 
 
697 aa  219  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.36 
 
 
706 aa  218  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  31.25 
 
 
688 aa  218  4e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  34.79 
 
 
707 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  34.06 
 
 
707 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  30.89 
 
 
689 aa  212  1e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.66 
 
 
707 aa  212  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.62 
 
 
706 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.78 
 
 
706 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.98 
 
 
692 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  31.98 
 
 
681 aa  207  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.36 
 
 
705 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.73 
 
 
670 aa  204  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.86 
 
 
688 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  38.53 
 
 
432 aa  199  9e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  33.47 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2587  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.57 
 
 
663 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.33 
 
 
724 aa  195  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  35.65 
 
 
577 aa  194  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.88 
 
 
689 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.82 
 
 
726 aa  192  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.6 
 
 
761 aa  190  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.06 
 
 
762 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.35 
 
 
798 aa  187  5e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.29 
 
 
663 aa  186  8e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.54 
 
 
674 aa  186  9e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.3 
 
 
701 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3943  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.17 
 
 
666 aa  183  6e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.386566  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6905  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.34 
 
 
682 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.18 
 
 
748 aa  160  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.98 
 
 
848 aa  158  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0208  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.31 
 
 
672 aa  158  3e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.702007 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  35.28 
 
 
854 aa  157  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.17 
 
 
677 aa  156  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  34.08 
 
 
859 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  33.76 
 
 
859 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  37.71 
 
 
927 aa  154  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.69 
 
 
364 aa  153  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.27 
 
 
891 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>