254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1420 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1420  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 594 aa  1233    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0201854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4636  RagB/SusD domain protein  65.83 
 
 		 593 aa  823    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00173325  normal  0.0770072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2721  RagB/SusD domain protein  42.86 
 
 		 559 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1301  RagB/SusD domain protein  32.47 
 
 		 571 aa  258  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0026313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2240  RagB/SusD domain protein  32.75 
 
 		 584 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4817  RagB/SusD domain protein  32.1 
 
 		 564 aa  240  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0936776  unclonable  0.0000000000000465252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4813  RagB/SusD domain protein  32.38 
 
 		 568 aa  233  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00404134  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1487  RagB/SusD domain protein  33.66 
 
 		 561 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.424946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4558  RagB/SusD domain protein  35.99 
 
 		 555 aa  222  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.001407  normal  0.0159313 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3874  RagB/SusD domain protein  33.14 
 
 		 568 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.483678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1299  RagB/SusD domain protein  32.23 
 
 		 565 aa  213  7e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  29.69 
 
 		 600 aa  213  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  31.39 
 
 		 531 aa  210  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3644  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 615 aa  206  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158423  normal  0.455687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  32.2 
 
 		 557 aa  203  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1128  RagB/SusD domain protein  29.57 
 
 		 568 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0330333 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  30.87 
 
 		 531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5520  RagB/SusD domain protein  29.19 
 
 		 599 aa  194  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000150302  normal  0.0291709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  32.09 
 
 		 540 aa  191  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5836  RagB/SusD domain protein  30.4 
 
 		 620 aa  187  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  30.51 
 
 		 529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1801  RagB/SusD domain protein  28.21 
 
 		 587 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2640  RagB/SusD domain protein  29.25 
 
 		 584 aa  169  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0117999  normal  0.357997 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1125  RagB/SusD domain protein  29.41 
 
 		 583 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256792 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2475  RagB/SusD domain protein  26.77 
 
 		 623 aa  167  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241068  normal  0.472175 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4696  RagB/SusD domain protein  29.06 
 
 		 639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000012975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2152  RagB/SusD domain protein  28.65 
 
 		 582 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000171014  normal  0.505642 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  27.24 
 
 		 511 aa  162  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2298  RagB/SusD domain protein  26.64 
 
 		 629 aa  160  7e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0544973 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  27.26 
 
 		 549 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  30.02 
 
 		 505 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0301  RagB/SusD domain protein  28.72 
 
 		 626 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.788503  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2473  RagB/SusD domain protein  26.93 
 
 		 615 aa  153  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113364  normal  0.242072 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1019  RagB/SusD domain protein  30.36 
 
 		 566 aa  153  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  30.59 
 
 		 527 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2104  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 581 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 		 541 aa  148  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3876  RagB/SusD domain protein  27.44 
 
 		 587 aa  146  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1849  RagB/SusD domain protein  25.97 
 
 		 557 aa  144  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 636 aa  141  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0565  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 		 673 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.642447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2559  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 		 629 aa  140  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.615969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4286  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 		 630 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  27.38 
 
 		 548 aa  137  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0711  RagB/SusD domain protein  26.99 
 
 		 642 aa  137  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0174034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  26.18 
 
 		 579 aa  136  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0355  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 		 633 aa  136  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0973758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4737  RagB/SusD domain protein  26.2 
 
 		 625 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  26.47 
 
 		 481 aa  134  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  26.49 
 
 		 484 aa  134  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 		 579 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4094  RagB/SusD domain-containing protein  26.73 
 
 		 666 aa  130  6e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00249622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2102  RagB/SusD domain protein  27.18 
 
 		 617 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337622  normal  0.239188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  26.9 
 
 		 503 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4100  RagB/SusD domain protein  27.94 
 
 		 638 aa  123  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  26.62 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2666  RagB/SusD domain protein  27.54 
 
 		 528 aa  122  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.453951  normal  0.89358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  24.8 
 
 		 499 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  25.74 
 
 		 540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  26.5 
 
 		 487 aa  113  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1684  RagB/SusD domain protein  25.85 
 
 		 611 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390743  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  25.12 
 
 		 491 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0197  RagB/SusD domain protein  24.69 
 
 		 595 aa  108  4e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0554  RagB/SusD domain protein  25.43 
 
 		 582 aa  108  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.674726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1343  RagB/SusD domain protein  25.26 
 
 		 631 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0193776  normal  0.446946 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0502  RagB/SusD domain protein  25.71 
 
 		 677 aa  103  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00011099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  26.74 
 
 		 499 aa  103  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1844  RagB/SusD domain protein  25.37 
 
 		 601 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  25.69 
 
 		 514 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  23.19 
 
 		 565 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  34.55 
 
 		 499 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  25.96 
 
 		 497 aa  101  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  27.16 
 
 		 489 aa  101  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2858  RagB/SusD domain protein  24.78 
 
 		 646 aa  100  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00145898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  26.39 
 
 		 494 aa  100  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  22.24 
 
 		 478 aa  97.8  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6797  RagB/SusD domain protein  23.32 
 
 		 638 aa  97.4  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000012034  hitchhiker  0.000000000461447 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  41.1 
 
 		 479 aa  97.1  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  25.27 
 
 		 511 aa  95.5  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2809  RagB/SusD domain protein  24.35 
 
 		 627 aa  93.2  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0471827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  35.37 
 
 		 476 aa  90.9  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 473 aa  91.3  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4531  RagB/SusD domain protein  25.79 
 
 		 614 aa  90.5  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.056511  normal  0.0821101 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  37.67 
 
 		 498 aa  89.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1021  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 		 582 aa  87.4  6e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00103937  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  24.8 
 
 		 486 aa  86.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  23.47 
 
 		 540 aa  85.1  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  22.83 
 
 		 506 aa  84.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  26.12 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  35.33 
 
 		 522 aa  84.3  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1602  RagB/SusD domain protein  25.05 
 
 		 570 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.71543 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1140  RagB/SusD domain protein  25.71 
 
 		 650 aa  81.3  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  35.62 
 
 		 501 aa  81.3  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6659  RagB/SusD domain protein  24.09 
 
 		 576 aa  81.3  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.913597  normal  0.982088 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 		 519 aa  80.9  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  35.53 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  25.19 
 
 		 503 aa  79.7  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  37.16 
 
 		 492 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  23.19 
 
 		 510 aa  79  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  23.65 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>