More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3589 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
492 aa  1012    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  66.06 
 
 
488 aa  638    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  35.39 
 
 
498 aa  268  1e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  34.64 
 
 
479 aa  210  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  34.1 
 
 
483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  32.5 
 
 
478 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  32.84 
 
 
497 aa  197  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  32.21 
 
 
481 aa  192  9e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  30.9 
 
 
448 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  31.71 
 
 
499 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  32.47 
 
 
494 aa  180  4e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  30.78 
 
 
477 aa  177  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  35.51 
 
 
487 aa  175  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  34.02 
 
 
494 aa  173  5e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  31.42 
 
 
506 aa  171  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  30.3 
 
 
458 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  31.66 
 
 
476 aa  167  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  32.53 
 
 
502 aa  166  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  31.01 
 
 
498 aa  166  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  31.22 
 
 
473 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  30.22 
 
 
501 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  29.54 
 
 
477 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  32.49 
 
 
460 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  30.35 
 
 
500 aa  160  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  31.5 
 
 
490 aa  160  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  32.2 
 
 
491 aa  160  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  29.91 
 
 
514 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  29.18 
 
 
507 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.14 
 
 
457 aa  156  7e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  30.09 
 
 
447 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  27.18 
 
 
447 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  30.11 
 
 
506 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  30.48 
 
 
503 aa  151  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  30.8 
 
 
519 aa  150  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  29.13 
 
 
514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  29.21 
 
 
507 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  28.9 
 
 
499 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  28.74 
 
 
457 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 
511 aa  145  2e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  31.86 
 
 
485 aa  144  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.19 
 
 
486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  30.49 
 
 
470 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  32.03 
 
 
494 aa  141  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  29.06 
 
 
446 aa  139  8.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  28.4 
 
 
447 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  30.6 
 
 
508 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  27.91 
 
 
523 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  27.79 
 
 
483 aa  133  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  26.9 
 
 
505 aa  133  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  27.75 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  25.9 
 
 
488 aa  130  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 
495 aa  129  9.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 
531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 
540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  29.61 
 
 
486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  28.88 
 
 
481 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  26.73 
 
 
484 aa  126  8.000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 
489 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  28.02 
 
 
510 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  27.95 
 
 
490 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 
513 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  26.2 
 
 
476 aa  124  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  27.68 
 
 
461 aa  124  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  30.58 
 
 
511 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  30.19 
 
 
527 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  28.97 
 
 
522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  28.36 
 
 
511 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 
469 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  27.57 
 
 
498 aa  120  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  26.37 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  28 
 
 
521 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  28.91 
 
 
521 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  28 
 
 
511 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.19 
 
 
541 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  26.83 
 
 
480 aa  117  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  27.99 
 
 
456 aa  117  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  25.43 
 
 
478 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  28.76 
 
 
534 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  29 
 
 
522 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  26 
 
 
519 aa  113  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  25.17 
 
 
547 aa  113  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  26.43 
 
 
499 aa  113  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  26.76 
 
 
464 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1910  RagB/SusD domain protein  24.71 
 
 
594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.289351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 
466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  26.44 
 
 
469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  29.41 
 
 
512 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 
520 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  29.67 
 
 
497 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  26.78 
 
 
461 aa  109  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  27.84 
 
 
493 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 
480 aa  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  27.04 
 
 
511 aa  108  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  26.4 
 
 
506 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  27.61 
 
 
503 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  28.01 
 
 
510 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3703  RagB/SusD domain protein  27.98 
 
 
522 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.380041  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  27.63 
 
 
451 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 
486 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  25.48 
 
 
537 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>