More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5520 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5520  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 599 aa  1241    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000150302  normal  0.0291709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5836  RagB/SusD domain protein  47.95 
 
 		 620 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  35.08 
 
 		 600 aa  332  2e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2298  RagB/SusD domain protein  32.57 
 
 		 629 aa  311  2e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0544973 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2559  RagB/SusD domain protein  30.42 
 
 		 629 aa  268  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.615969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4100  RagB/SusD domain protein  32.09 
 
 		 638 aa  268  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2640  RagB/SusD domain protein  32.2 
 
 		 584 aa  260  4e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0117999  normal  0.357997 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0711  RagB/SusD domain protein  31.05 
 
 		 642 aa  258  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0174034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4817  RagB/SusD domain protein  32.28 
 
 		 564 aa  242  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0936776  unclonable  0.0000000000000465252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2240  RagB/SusD domain protein  31.24 
 
 		 584 aa  243  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4813  RagB/SusD domain protein  30.57 
 
 		 568 aa  233  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00404134  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1301  RagB/SusD domain protein  32.42 
 
 		 571 aa  231  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0026313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6797  RagB/SusD domain protein  28.25 
 
 		 638 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000012034  hitchhiker  0.000000000461447 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  29.33 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0565  RagB/SusD domain protein  28.22 
 
 		 673 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.642447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3874  RagB/SusD domain protein  30.76 
 
 		 568 aa  212  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.483678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1299  RagB/SusD domain protein  30.59 
 
 		 565 aa  211  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0502  RagB/SusD domain protein  28.93 
 
 		 677 aa  211  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00011099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3876  RagB/SusD domain protein  28.31 
 
 		 587 aa  204  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4636  RagB/SusD domain protein  29.38 
 
 		 593 aa  203  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00173325  normal  0.0770072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2721  RagB/SusD domain protein  31.77 
 
 		 559 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  29.27 
 
 		 531 aa  196  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1420  RagB/SusD domain protein  29.19 
 
 		 594 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0201854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2858  RagB/SusD domain protein  29.03 
 
 		 646 aa  194  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00145898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  28.59 
 
 		 531 aa  187  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1487  RagB/SusD domain protein  29.35 
 
 		 561 aa  187  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.424946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4558  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 		 555 aa  187  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.001407  normal  0.0159313 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1019  RagB/SusD domain protein  27.83 
 
 		 566 aa  186  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1125  RagB/SusD domain protein  26.72 
 
 		 583 aa  176  8e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256792 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  28.69 
 
 		 540 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1128  RagB/SusD domain protein  28.97 
 
 		 568 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0330333 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2102  RagB/SusD domain protein  26.47 
 
 		 617 aa  160  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337622  normal  0.239188 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  29.8 
 
 		 527 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2475  RagB/SusD domain protein  25.96 
 
 		 623 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241068  normal  0.472175 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3644  RagB/SusD domain protein  26.67 
 
 		 615 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158423  normal  0.455687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1801  RagB/SusD domain protein  28.48 
 
 		 587 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1021  RagB/SusD domain protein  26.84 
 
 		 582 aa  150  9e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00103937  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2473  RagB/SusD domain protein  25.92 
 
 		 615 aa  147  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113364  normal  0.242072 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  26.74 
 
 		 579 aa  144  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2152  RagB/SusD domain protein  25.93 
 
 		 582 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000171014  normal  0.505642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4737  RagB/SusD domain protein  27.43 
 
 		 625 aa  143  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0301  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 626 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.788503  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4286  RagB/SusD domain protein  26.5 
 
 		 630 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  28.9 
 
 		 529 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1849  RagB/SusD domain protein  24.69 
 
 		 557 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  26.57 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4094  RagB/SusD domain-containing protein  29.04 
 
 		 666 aa  128  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00249622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  27.38 
 
 		 636 aa  128  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2104  RagB/SusD domain protein  25.97 
 
 		 581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2666  RagB/SusD domain protein  26.1 
 
 		 528 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.453951  normal  0.89358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  25.05 
 
 		 540 aa  116  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0197  RagB/SusD domain protein  27.08 
 
 		 595 aa  112  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  25.83 
 
 		 541 aa  110  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  24.71 
 
 		 505 aa  109  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4696  RagB/SusD domain protein  25.88 
 
 		 639 aa  109  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000012975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  25 
 
 		 487 aa  107  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1343  RagB/SusD domain protein  24.96 
 
 		 631 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0193776  normal  0.446946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1844  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 		 601 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0554  RagB/SusD domain protein  25.2 
 
 		 582 aa  100  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.674726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  35.92 
 
 		 511 aa  97.1  8e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2809  RagB/SusD domain protein  26.97 
 
 		 627 aa  96.7  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0471827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0355  RagB/SusD domain protein  24.59 
 
 		 633 aa  95.1  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0973758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4950  RagB/SusD domain protein  23.63 
 
 		 592 aa  95.1  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0441936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4531  RagB/SusD domain protein  23.65 
 
 		 614 aa  94.4  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.056511  normal  0.0821101 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2721  RagB/SusD domain protein  25.36 
 
 		 550 aa  94.4  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0628838  normal  0.846389 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0629  RagB/SusD domain protein  23.92 
 
 		 540 aa  94  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.953445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  24.22 
 
 		 477 aa  91.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6659  RagB/SusD domain protein  24.59 
 
 		 576 aa  89  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.913597  normal  0.982088 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05060  hypothetical protein  23.39 
 
 		 519 aa  87.8  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301626  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1140  RagB/SusD domain protein  25.36 
 
 		 650 aa  86.7  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1684  RagB/SusD domain protein  23.75 
 
 		 611 aa  85.1  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390743  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  29.47 
 
 		 612 aa  81.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  35.62 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  23.88 
 
 		 481 aa  79.7  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  34.25 
 
 		 484 aa  79  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3283  RagB/SusD domain protein  28.09 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.355716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 		 664 aa  78.2  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  23.69 
 
 		 499 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  34.32 
 
 		 494 aa  77.8  0.0000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  29.11 
 
 		 502 aa  77.4  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  28.06 
 
 		 520 aa  77.4  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  32.89 
 
 		 501 aa  77.4  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2434  RagB/SusD domain protein  23.4 
 
 		 588 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000109153  normal  0.490439 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4815  RagB/SusD domain-containing protein  24.54 
 
 		 577 aa  75.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.202345  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2403  RagB/SusD domain protein  21.65 
 
 		 576 aa  75.5  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  30.11 
 
 		 476 aa  76.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 527 aa  74.7  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  27.48 
 
 		 480 aa  73.9  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  32.32 
 
 		 447 aa  73.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.55 
 
 		 519 aa  72.4  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  36.23 
 
 		 511 aa  71.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  30.77 
 
 		 478 aa  71.2  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  28.5 
 
 		 447 aa  71.2  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2248  RagB/SusD domain protein  21.99 
 
 		 596 aa  70.9  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  26.97 
 
 		 503 aa  70.5  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  23.54 
 
 		 499 aa  69.7  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 		 460 aa  70.1  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  25.56 
 
 		 491 aa  69.7  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4175  RagB/SusD domain protein  34.07 
 
 		 504 aa  70.1  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.438263  normal  0.0393106 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  26.67 
 
 		 540 aa  68.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>