More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1041 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  69.69 
 
 		 498 aa  698    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 501 aa  1032    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  42.23 
 
 		 483 aa  323  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  39.11 
 
 		 497 aa  297  2e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  40.08 
 
 		 479 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  37.21 
 
 		 481 aa  275  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  37.55 
 
 		 477 aa  274  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  37.08 
 
 		 519 aa  273  6e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  38 
 
 		 500 aa  269  8e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  36.23 
 
 		 514 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  37.45 
 
 		 491 aa  257  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  39.5 
 
 		 514 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  34.79 
 
 		 494 aa  244  3.9999999999999997e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  37.97 
 
 		 503 aa  244  3.9999999999999997e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  36.42 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  35.1 
 
 		 478 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  34.88 
 
 		 476 aa  226  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  35.84 
 
 		 460 aa  215  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  36.45 
 
 		 473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  33.65 
 
 		 486 aa  213  7e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  34.1 
 
 		 512 aa  212  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  34.2 
 
 		 494 aa  210  4e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  35.07 
 
 		 470 aa  211  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  34.43 
 
 		 487 aa  209  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  31.71 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  31.6 
 
 		 483 aa  207  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  33.46 
 
 		 511 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  33.89 
 
 		 499 aa  203  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  34.04 
 
 		 477 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  31.75 
 
 		 485 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  34.5 
 
 		 506 aa  192  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  31.89 
 
 		 490 aa  186  6e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  32.79 
 
 		 522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  31.81 
 
 		 494 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  32.09 
 
 		 499 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 		 481 aa  178  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  31.75 
 
 		 541 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  29.78 
 
 		 507 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  30.76 
 
 		 499 aa  173  6.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  31.56 
 
 		 493 aa  172  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  28.41 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  28.36 
 
 		 503 aa  166  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  30.22 
 
 		 492 aa  163  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  31.07 
 
 		 508 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 486 aa  160  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  31.37 
 
 		 488 aa  160  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  29.81 
 
 		 476 aa  159  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  28.88 
 
 		 531 aa  159  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  30.12 
 
 		 513 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  28.47 
 
 		 523 aa  157  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  28.91 
 
 		 511 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  29.75 
 
 		 498 aa  154  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 480 aa  153  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  28.47 
 
 		 531 aa  148  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  28.52 
 
 		 507 aa  146  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 448 aa  146  8.000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  27.76 
 
 		 521 aa  143  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 		 527 aa  143  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 		 548 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  29 
 
 		 498 aa  142  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  29.92 
 
 		 511 aa  142  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  28.6 
 
 		 519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 		 522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  27.97 
 
 		 495 aa  141  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  27.85 
 
 		 506 aa  141  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  28.55 
 
 		 534 aa  139  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 		 484 aa  139  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  28.62 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  27.26 
 
 		 531 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5647  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 		 520 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  27.37 
 
 		 521 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0788  RagB/SusD domain protein  31.29 
 
 		 603 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  28.84 
 
 		 503 aa  137  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  30.52 
 
 		 527 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 540 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2992  RagB/SusD domain protein  28.62 
 
 		 576 aa  136  7.000000000000001e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  27.55 
 
 		 511 aa  136  8e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  28.44 
 
 		 511 aa  136  9e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  29.62 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  27.68 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  28.21 
 
 		 480 aa  134  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  28.3 
 
 		 496 aa  133  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  28.09 
 
 		 487 aa  133  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 		 520 aa  130  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  26.8 
 
 		 549 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  28.83 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1904  RagB/SusD domain protein  25.51 
 
 		 492 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.879306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  28.6 
 
 		 664 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  27.96 
 
 		 547 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4823  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 		 495 aa  127  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000639961  hitchhiker  0.00000000207149 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  26.35 
 
 		 506 aa  126  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  27.44 
 
 		 527 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  30.34 
 
 		 499 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  30.3 
 
 		 506 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1761  RagB/SusD domain protein  24.87 
 
 		 539 aa  124  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 505 aa  124  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 497 aa  124  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1910  RagB/SusD domain protein  27.21 
 
 		 594 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.289351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5797  RagB/SusD domain protein  27.49 
 
 		 601 aa  123  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.13947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  26.55 
 
 		 478 aa  123  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>