More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5600 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  66.06 
 
 		 492 aa  657    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 488 aa  999    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  36.67 
 
 		 498 aa  288  1e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  35.81 
 
 		 479 aa  236  8e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  35.8 
 
 		 483 aa  234  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  33.27 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  34.88 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  33.4 
 
 		 497 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  35.1 
 
 		 481 aa  210  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  32.53 
 
 		 448 aa  205  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  32.31 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  34.84 
 
 		 503 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  32.28 
 
 		 491 aa  191  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  31.94 
 
 		 458 aa  189  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  34.35 
 
 		 499 aa  189  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  34.04 
 
 		 490 aa  188  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  33.47 
 
 		 473 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  32.04 
 
 		 476 aa  187  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  31.73 
 
 		 457 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  32.15 
 
 		 494 aa  185  2.0000000000000003e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  36.39 
 
 		 487 aa  183  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  34.06 
 
 		 460 aa  182  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  29.3 
 
 		 447 aa  180  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  29.85 
 
 		 500 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  33.2 
 
 		 514 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  32.7 
 
 		 498 aa  177  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  32.27 
 
 		 506 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  31.25 
 
 		 447 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  31.38 
 
 		 502 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  30.95 
 
 		 494 aa  170  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  31.94 
 
 		 499 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  30.25 
 
 		 501 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  30.26 
 
 		 485 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  30.54 
 
 		 494 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  33.58 
 
 		 486 aa  166  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  33.48 
 
 		 470 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  30.97 
 
 		 519 aa  163  6e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  29.98 
 
 		 507 aa  162  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  29.93 
 
 		 505 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  30.31 
 
 		 507 aa  160  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.06 
 
 		 486 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  32.02 
 
 		 508 aa  158  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 		 483 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  29.6 
 
 		 457 aa  156  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  31.13 
 
 		 480 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  30.3 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  34.63 
 
 		 456 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 514 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  31.77 
 
 		 461 aa  150  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  29.81 
 
 		 446 aa  146  9e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  29.47 
 
 		 506 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  29 
 
 		 511 aa  145  1e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  26.64 
 
 		 469 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  28.32 
 
 		 484 aa  143  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  29.94 
 
 		 511 aa  143  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  29.49 
 
 		 478 aa  141  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  27.88 
 
 		 479 aa  141  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  29.2 
 
 		 490 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  31.11 
 
 		 511 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  30.08 
 
 		 466 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  31.6 
 
 		 472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  31.16 
 
 		 481 aa  136  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  28.24 
 
 		 461 aa  136  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  29.29 
 
 		 497 aa  136  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  29.04 
 
 		 476 aa  134  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  29.89 
 
 		 522 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  28.26 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  28.24 
 
 		 506 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 		 456 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  28.01 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  27.36 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  28.7 
 
 		 523 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  32.16 
 
 		 511 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  29.73 
 
 		 495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  28.16 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 		 513 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  27.99 
 
 		 510 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  26.49 
 
 		 556 aa  127  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1910  RagB/SusD domain protein  25.62 
 
 		 594 aa  126  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.289351 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  28.43 
 
 		 480 aa  126  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0536  RagB/SusD domain protein  27.36 
 
 		 456 aa  126  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 		 521 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  29.71 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  30.02 
 
 		 527 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  26.68 
 
 		 489 aa  124  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  27.26 
 
 		 511 aa  123  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  28.35 
 
 		 493 aa  123  7e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  29.13 
 
 		 484 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 531 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  26.12 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 		 480 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 		 491 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  28.78 
 
 		 521 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  26.38 
 
 		 534 aa  119  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  26.53 
 
 		 488 aa  119  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  27.54 
 
 		 464 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  25.5 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  27.22 
 
 		 506 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.36 
 
 		 519 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>