More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3332 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3332  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  100 
 
 		 744 aa  1531    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2711  TonB-dependent receptor, plug  25.71 
 
 		 762 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.882237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2701  TonB-dependent receptor, plug  23.83 
 
 		 822 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 758 aa  119  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 764 aa  118  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 713 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 730 aa  106  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  22.24 
 
 		 741 aa  103  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  22.18 
 
 		 736 aa  103  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 753 aa  100  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 690 aa  100  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 747 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.76 
 
 		 729 aa  99.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 733 aa  98.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 746 aa  97.8  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 758 aa  96.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  23.7 
 
 		 751 aa  96.7  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 734 aa  96.3  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  22.33 
 
 		 703 aa  95.5  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 687 aa  94  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  21.96 
 
 		 764 aa  93.6  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 748 aa  92  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 743 aa  91.7  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  23.17 
 
 		 889 aa  91.7  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 744 aa  91.3  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 745 aa  90.9  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  20.74 
 
 		 771 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 743 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  23.54 
 
 		 822 aa  88.2  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  21.8 
 
 		 853 aa  87.8  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 784 aa  88.2  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 744 aa  87.8  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 732 aa  87.8  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 851 aa  86.7  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  21.91 
 
 		 713 aa  86.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 793 aa  85.9  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 778 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 778 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  21.56 
 
 		 783 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 733 aa  84.7  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 744 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  22.18 
 
 		 767 aa  82.4  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 712 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 730 aa  81.6  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.33 
 
 		 685 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 726 aa  81.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  28.16 
 
 		 714 aa  80.9  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 759 aa  80.5  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 732 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 713 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.83 
 
 		 759 aa  79  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 729 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 737 aa  78.2  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  21.62 
 
 		 803 aa  78.2  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  22.41 
 
 		 739 aa  77  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 730 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  22.13 
 
 		 856 aa  75.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 700 aa  76.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  31.97 
 
 		 695 aa  75.5  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 749 aa  75.1  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 758 aa  75.5  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 755 aa  74.7  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 785 aa  73.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 766 aa  73.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  22.15 
 
 		 748 aa  72.8  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1941  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 676 aa  72.4  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.891675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 718 aa  72  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 748 aa  72  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  20.91 
 
 		 641 aa  71.6  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 757 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  22.98 
 
 		 754 aa  71.2  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 726 aa  70.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 734 aa  70.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3471  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 788 aa  70.5  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 767 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  20.88 
 
 		 798 aa  70.1  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.83 
 
 		 715 aa  69.7  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 761 aa  69.3  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 726 aa  70.1  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 751 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 		 763 aa  69.7  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 798 aa  69.7  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3419  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  23.97 
 
 		 722 aa  68.2  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 794 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 773 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 773 aa  67.8  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 773 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 690 aa  67.8  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 802 aa  67.8  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 771 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 783 aa  67.8  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 790 aa  67.4  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 694 aa  67  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 704 aa  67  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 762 aa  66.6  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 761 aa  67  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 755 aa  66.6  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 758 aa  66.2  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  27.11 
 
 		 797 aa  66.6  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>