More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0493 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0493  diguanylate cyclase  100 
 
 		 356 aa  720    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000408461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2050  diguanylate cyclase  50.73 
 
 		 370 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0291129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1372  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 352 aa  275  6e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 501 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 503 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 582 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.5 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  35.5 
 
 		 461 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 696 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  35.93 
 
 		 355 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 352 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.75 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 492 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 577 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 625 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  34.75 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 661 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 422 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 502 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 631 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 523 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 446 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 453 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.93 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 622 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 544 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 		 625 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  41.8 
 
 		 494 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 454 aa  110  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 504 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 345 aa  109  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 490 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.67 
 
 		 462 aa  109  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  32.29 
 
 		 457 aa  109  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 523 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 555 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  33.47 
 
 		 457 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.02 
 
 		 730 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 625 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 625 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.02 
 
 		 455 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.29 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 253 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 628 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  30.83 
 
 		 849 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.36 
 
 		 443 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 628 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  42.47 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 526 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  37.24 
 
 		 568 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.94 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 518 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 398 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 641 aa  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 583 aa  107  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 371 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 469 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 462 aa  107  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 353 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.91 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 624 aa  106  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 686 aa  106  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 547 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>