More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1372 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1372  diguanylate cyclase  100 
 
 		 352 aa  709    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2050  diguanylate cyclase  52.82 
 
 		 370 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0291129  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0493  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 356 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000408461 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 345 aa  243  5e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 355 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 352 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.56 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  39.56 
 
 		 563 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  39.56 
 
 		 564 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 451 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  35.71 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 501 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 		 636 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.09 
 
 		 422 aa  115  7.999999999999999e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 547 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 503 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 512 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.53 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 680 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.42 
 
 		 443 aa  112  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  35.53 
 
 		 644 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 353 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 559 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 515 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 732 aa  112  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.22 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.61 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 479 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.93 
 
 		 506 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 498 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 220 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 345 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 681 aa  110  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 312 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 501 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.82 
 
 		 455 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 434 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 502 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 352 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  38.83 
 
 		 494 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 650 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 516 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.4 
 
 		 665 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.38 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.46 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 574 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.27 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 486 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 504 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 338 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 471 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.39 
 
 		 506 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 517 aa  107  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 462 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.95 
 
 		 664 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 		 499 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 		 499 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.34 
 
 		 344 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 499 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 624 aa  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 620 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 		 489 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 		 484 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.53 
 
 		 648 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.09 
 
 		 418 aa  107  5e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 		 489 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 462 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 		 960 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>