More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2848 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  63.89 
 
 		 596 aa  753    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  60.83 
 
 		 581 aa  702    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  61.01 
 
 		 581 aa  718    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  60.66 
 
 		 581 aa  695    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  78.4 
 
 		 577 aa  947    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  60.66 
 
 		 581 aa  701    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  94.96 
 
 		 575 aa  1123    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  99.3 
 
 		 575 aa  1174    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  100 
 
 		 575 aa  1183    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 593 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  40.9 
 
 		 595 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 587 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  38.57 
 
 		 649 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 576 aa  359  9e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  36.71 
 
 		 578 aa  335  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  30.78 
 
 		 642 aa  278  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 622 aa  267  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 610 aa  200  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 585 aa  200  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  29.65 
 
 		 592 aa  189  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 589 aa  186  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  27.8 
 
 		 585 aa  165  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  31.06 
 
 		 613 aa  164  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  28.72 
 
 		 694 aa  154  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 405 aa  140  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  36.79 
 
 		 431 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 495 aa  136  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 611 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  30.41 
 
 		 604 aa  134  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 322 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.51 
 
 		 498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 659 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 642 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 696 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.99 
 
 		 626 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  39.18 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 220 aa  128  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 531 aa  128  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 612 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 485 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 645 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 645 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 477 aa  127  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 459 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 464 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  35.61 
 
 		 690 aa  126  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 635 aa  126  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 485 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 559 aa  126  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 563 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 407 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 653 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 329 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 1774 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 659 aa  124  6e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 438 aa  124  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  42.86 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 614 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.9 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 390 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 490 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  40 
 
 		 794 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 563 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  40.88 
 
 		 525 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 353 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 552 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 321 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 430 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 827 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 1037 aa  120  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 464 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 585 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.94 
 
 		 443 aa  120  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 485 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 328 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 901 aa  120  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  36.1 
 
 		 677 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 628 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.04 
 
 		 335 aa  120  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>