More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1752 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  100 
 
 
438 aa  902    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  50.34 
 
 
451 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  48.75 
 
 
450 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.61 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  33.93 
 
 
448 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  33.71 
 
 
450 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  32.13 
 
 
452 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  34.49 
 
 
450 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.74 
 
 
450 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  31.74 
 
 
451 aa  222  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  34.24 
 
 
450 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
415 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
415 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
416 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.29 
 
 
401 aa  154  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
417 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.07 
 
 
392 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
413 aa  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.78 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  29.61 
 
 
442 aa  147  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
401 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.7 
 
 
399 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
399 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 
411 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.41 
 
 
401 aa  141  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
401 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.27 
 
 
397 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.09 
 
 
402 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.72 
 
 
407 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.72 
 
 
407 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
445 aa  133  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.48 
 
 
402 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.17 
 
 
391 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.73 
 
 
400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.14 
 
 
400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.73 
 
 
400 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  29.02 
 
 
404 aa  126  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.19 
 
 
396 aa  126  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
417 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.45 
 
 
403 aa  124  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.46 
 
 
403 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.39 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.8 
 
 
410 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.2 
 
 
402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.87 
 
 
427 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  28.45 
 
 
415 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
398 aa  116  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
401 aa  116  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  27.01 
 
 
401 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
406 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.46 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
384 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.5 
 
 
410 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
408 aa  112  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  27.8 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.63 
 
 
402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
411 aa  112  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26 
 
 
401 aa  111  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
405 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.7 
 
 
392 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
401 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26 
 
 
401 aa  111  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.79 
 
 
398 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  26.39 
 
 
401 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  26.13 
 
 
403 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
415 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.23 
 
 
407 aa  110  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.98 
 
 
401 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  29.28 
 
 
408 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  26.36 
 
 
417 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
395 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
395 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.49 
 
 
397 aa  109  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.42 
 
 
411 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
402 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  25.41 
 
 
413 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  26.65 
 
 
409 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.06 
 
 
406 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
401 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
408 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  26 
 
 
401 aa  108  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
398 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.15 
 
 
401 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
404 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>