175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5223 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  48.24 
 
 		 1013 aa  780    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  72.76 
 
 		 1014 aa  1434    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  100 
 
 		 1010 aa  2021    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  46.29 
 
 		 542 aa  394  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  32.23 
 
 		 961 aa  348  4e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  32.67 
 
 		 936 aa  327  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  29.05 
 
 		 982 aa  313  2e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  32.69 
 
 		 926 aa  310  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.31 
 
 		 929 aa  302  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  28.16 
 
 		 964 aa  300  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  27.54 
 
 		 1035 aa  297  9e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.12 
 
 		 1665 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  26.22 
 
 		 943 aa  240  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.26 
 
 		 1112 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.21 
 
 		 1170 aa  213  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  27.44 
 
 		 875 aa  206  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  39.59 
 
 		 1756 aa  202  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  47.39 
 
 		 261 aa  198  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  40.44 
 
 		 1807 aa  188  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  35.83 
 
 		 1955 aa  181  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  37.18 
 
 		 1111 aa  181  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  26.36 
 
 		 612 aa  179  2e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  30 
 
 		 907 aa  179  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  30.41 
 
 		 1486 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  25.39 
 
 		 919 aa  170  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.09 
 
 		 1986 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.63 
 
 		 1351 aa  165  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  32.03 
 
 		 1087 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.05 
 
 		 1986 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.15 
 
 		 1986 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.56 
 
 		 1986 aa  163  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.15 
 
 		 1986 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  23.15 
 
 		 1986 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  39.41 
 
 		 923 aa  160  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  26.07 
 
 		 918 aa  154  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  33.45 
 
 		 1936 aa  150  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.13 
 
 		 870 aa  144  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.3 
 
 		 379 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  26.51 
 
 		 1093 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.55 
 
 		 1428 aa  124  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  32.72 
 
 		 910 aa  117  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  33.07 
 
 		 907 aa  104  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  24.15 
 
 		 1068 aa  100  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  25 
 
 		 957 aa  99.4  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.55 
 
 		 1623 aa  99  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  34.8 
 
 		 907 aa  97.8  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  27.21 
 
 		 1836 aa  97.8  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  32.37 
 
 		 322 aa  94.7  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  25.63 
 
 		 1174 aa  94.7  8e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  26.57 
 
 		 981 aa  91.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.14 
 
 		 1102 aa  90.9  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.59 
 
 		 1952 aa  88.2  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  26.48 
 
 		 1231 aa  87.8  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.47 
 
 		 1976 aa  86.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  35.12 
 
 		 1175 aa  87  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  23.47 
 
 		 1683 aa  85.1  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  25.62 
 
 		 1955 aa  84.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  31.15 
 
 		 944 aa  84.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.82 
 
 		 1095 aa  83.2  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.79 
 
 		 1356 aa  83.2  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.43 
 
 		 1523 aa  82  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.43 
 
 		 1523 aa  82  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.28 
 
 		 1105 aa  79.7  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  35.8 
 
 		 1176 aa  79.3  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.89 
 
 		 1536 aa  79.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.2 
 
 		 1980 aa  79.3  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.92 
 
 		 946 aa  79  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.92 
 
 		 945 aa  79.3  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  33.06 
 
 		 1102 aa  78.2  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  36.79 
 
 		 1557 aa  77  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  23.34 
 
 		 1481 aa  77.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  32.74 
 
 		 1797 aa  76.6  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  33.06 
 
 		 1102 aa  77  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  29.91 
 
 		 1100 aa  75.5  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  32.06 
 
 		 2090 aa  75.1  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.47 
 
 		 1098 aa  74.7  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  26.66 
 
 		 1967 aa  74.3  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.34 
 
 		 1245 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  26.9 
 
 		 1529 aa  73.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.5 
 
 		 1538 aa  72.4  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.21 
 
 		 1098 aa  72  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  28.83 
 
 		 1039 aa  70.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  30.2 
 
 		 1107 aa  71.2  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  28.12 
 
 		 1100 aa  70.1  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  27.87 
 
 		 1123 aa  70.1  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  30.71 
 
 		 985 aa  70.5  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  29.88 
 
 		 976 aa  69.3  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  29.88 
 
 		 976 aa  69.3  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02880  hypothetical protein  25.46 
 
 		 914 aa  68.6  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  32.6 
 
 		 1107 aa  68.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  31.77 
 
 		 1184 aa  68.2  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  29.55 
 
 		 974 aa  67.8  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  28.25 
 
 		 1034 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  36.93 
 
 		 1034 aa  66.6  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  30.75 
 
 		 744 aa  66.2  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  29.84 
 
 		 1000 aa  65.5  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  29.84 
 
 		 1000 aa  65.5  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  31.15 
 
 		 982 aa  65.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  27.46 
 
 		 879 aa  65.1  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  29.25 
 
 		 998 aa  65.1  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>