More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2507 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 351 aa  685    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  92.02 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  92.88 
 
 		 399 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  83.76 
 
 		 351 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  60.73 
 
 		 351 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2970  TPR repeat-containing protein  56.53 
 
 		 364 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47174  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3102  TPR domain protein  56.84 
 
 		 389 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0131637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  37.1 
 
 		 755 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  28.23 
 
 		 784 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 		 828 aa  81.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  29.62 
 
 		 781 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  27.01 
 
 		 799 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 764 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  28.66 
 
 		 817 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  29.28 
 
 		 802 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 329 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.56 
 
 		 810 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  25.66 
 
 		 661 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  23.91 
 
 		 743 aa  67  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 828 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  24.04 
 
 		 725 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 878 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  26.27 
 
 		 708 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  30.43 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  27.32 
 
 		 767 aa  63.5  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  26.89 
 
 		 884 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 		 448 aa  63.2  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003597  FOG: TPR repeat protein  28.03 
 
 		 345 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.76 
 
 		 786 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.68 
 
 		 557 aa  62.4  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 828 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 828 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  25.93 
 
 		 685 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25 
 
 		 1979 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  27.94 
 
 		 1676 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 		 789 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 1276 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  26.67 
 
 		 773 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 722 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03573  tetratricopeptide repeat family  27.75 
 
 		 690 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.432087  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  28.36 
 
 		 475 aa  60.1  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  26.35 
 
 		 587 aa  60.1  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  23.63 
 
 		 778 aa  59.7  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 		 1827 aa  59.7  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.65 
 
 		 784 aa  59.7  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 		 764 aa  59.3  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  27.87 
 
 		 935 aa  59.3  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 4079 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  25.66 
 
 		 1069 aa  59.3  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  28.63 
 
 		 651 aa  58.9  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  29.45 
 
 		 465 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.56 
 
 		 632 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0691  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  29.61 
 
 		 883 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.953113 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  27.53 
 
 		 681 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2307  TPR repeat-containing protein  28.37 
 
 		 653 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3194  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  25.49 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.756541  hitchhiker  0.0088423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  30.15 
 
 		 515 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 566 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2681  TPR domain protein  28.37 
 
 		 653 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  30.52 
 
 		 1154 aa  58.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 		 879 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2550  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 		 670 aa  57.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.507483  normal  0.0818134 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 505 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  24.15 
 
 		 565 aa  57.4  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 		 2262 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 873 aa  57.4  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.29 
 
 		 3145 aa  57.4  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  26.06 
 
 		 594 aa  57  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.81 
 
 		 265 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  29.33 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 718 aa  56.6  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0616  TPR repeat-containing protein  30.11 
 
 		 974 aa  56.6  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1858  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.32 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 771 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  25.76 
 
 		 837 aa  56.2  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4211  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 		 522 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.185796 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  24.48 
 
 		 808 aa  55.8  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11910  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 		 394 aa  55.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000944223  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.17 
 
 		 2240 aa  55.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 		 955 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.02 
 
 		 553 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  29.02 
 
 		 603 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  25.17 
 
 		 927 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  22.36 
 
 		 827 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4239  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.66 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1344  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 		 471 aa  55.1  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.641665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  23.28 
 
 		 265 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.51 
 
 		 631 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  21.97 
 
 		 3301 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2562  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.57 
 
 		 364 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4301  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.26 
 
 		 363 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.124533 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  31.13 
 
 		 2262 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2994  hypothetical protein  31.76 
 
 		 417 aa  54.3  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.542641  normal  0.0105744 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3831  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.81 
 
 		 1034 aa  54.3  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0133068 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3865  TPR repeat protein  38.54 
 
 		 503 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4981  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.24 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 713 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  27.6 
 
 		 700 aa  53.9  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>