282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0301 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0301  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 626 aa  1302    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.788503  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4737  RagB/SusD domain protein  82.78 
 
 		 625 aa  1048    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3644  RagB/SusD domain protein  51.58 
 
 		 615 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158423  normal  0.455687 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2473  RagB/SusD domain protein  51.11 
 
 		 615 aa  613  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113364  normal  0.242072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2475  RagB/SusD domain protein  49.68 
 
 		 623 aa  604  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241068  normal  0.472175 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1487  RagB/SusD domain protein  33.8 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.424946 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  30.81 
 
 		 600 aa  226  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4558  RagB/SusD domain protein  30.9 
 
 		 555 aa  219  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.001407  normal  0.0159313 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1125  RagB/SusD domain protein  29.42 
 
 		 583 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256792 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1301  RagB/SusD domain protein  30.43 
 
 		 571 aa  202  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0026313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2240  RagB/SusD domain protein  30.15 
 
 		 584 aa  198  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4817  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 		 564 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0936776  unclonable  0.0000000000000465252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4813  RagB/SusD domain protein  30.58 
 
 		 568 aa  188  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00404134  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4636  RagB/SusD domain protein  27.92 
 
 		 593 aa  179  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00173325  normal  0.0770072 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3874  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 568 aa  178  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.483678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1420  RagB/SusD domain protein  28.42 
 
 		 594 aa  177  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0201854 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  27.73 
 
 		 557 aa  169  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3876  RagB/SusD domain protein  27.97 
 
 		 587 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5520  RagB/SusD domain protein  28.1 
 
 		 599 aa  160  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000150302  normal  0.0291709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2721  RagB/SusD domain protein  30.93 
 
 		 559 aa  158  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4286  RagB/SusD domain protein  26.88 
 
 		 630 aa  156  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1299  RagB/SusD domain protein  26.87 
 
 		 565 aa  154  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2640  RagB/SusD domain protein  30.27 
 
 		 584 aa  154  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0117999  normal  0.357997 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2152  RagB/SusD domain protein  26.92 
 
 		 582 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000171014  normal  0.505642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 		 636 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1801  RagB/SusD domain protein  27.84 
 
 		 587 aa  150  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1128  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 		 568 aa  146  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0330333 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  25.24 
 
 		 511 aa  139  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4696  RagB/SusD domain protein  27.98 
 
 		 639 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000012975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2559  RagB/SusD domain protein  24.37 
 
 		 629 aa  131  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.615969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4094  RagB/SusD domain-containing protein  26.06 
 
 		 666 aa  127  9e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00249622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4503  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 		 607 aa  126  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.468205  normal  0.602053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  25.23 
 
 		 531 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1849  RagB/SusD domain protein  25.76 
 
 		 557 aa  123  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0355  RagB/SusD domain protein  25.38 
 
 		 633 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0973758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  27.41 
 
 		 540 aa  120  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0197  RagB/SusD domain protein  24.89 
 
 		 595 aa  120  7.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  25.09 
 
 		 549 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1343  RagB/SusD domain protein  27.83 
 
 		 631 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0193776  normal  0.446946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  27.44 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2104  RagB/SusD domain protein  25.81 
 
 		 581 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0711  RagB/SusD domain protein  24.37 
 
 		 642 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0174034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2809  RagB/SusD domain protein  27.96 
 
 		 627 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0471827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2102  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337622  normal  0.239188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  27.78 
 
 		 579 aa  111  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4100  RagB/SusD domain protein  23.05 
 
 		 638 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1021  RagB/SusD domain protein  25.57 
 
 		 582 aa  107  7e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00103937  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1019  RagB/SusD domain protein  32.31 
 
 		 566 aa  107  8e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  24.45 
 
 		 488 aa  107  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  28.01 
 
 		 499 aa  104  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1844  RagB/SusD domain protein  25.49 
 
 		 601 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  26.34 
 
 		 579 aa  101  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6659  RagB/SusD domain protein  25.53 
 
 		 576 aa  100  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.913597  normal  0.982088 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1379  RagB/SusD domain protein  22.79 
 
 		 574 aa  99  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  32.05 
 
 		 506 aa  99.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2666  RagB/SusD domain protein  23.82 
 
 		 528 aa  96.7  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.453951  normal  0.89358 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  34.3 
 
 		 512 aa  95.5  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4531  RagB/SusD domain protein  25.26 
 
 		 614 aa  94.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.056511  normal  0.0821101 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5836  RagB/SusD domain protein  29.71 
 
 		 620 aa  93.2  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  30.13 
 
 		 531 aa  93.6  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  23.89 
 
 		 487 aa  92  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  33.63 
 
 		 505 aa  92  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  29.93 
 
 		 540 aa  91.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2721  RagB/SusD domain protein  25.54 
 
 		 550 aa  90.9  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0628838  normal  0.846389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  25.21 
 
 		 477 aa  90.5  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  24.54 
 
 		 507 aa  88.2  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  30.59 
 
 		 499 aa  87.4  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  31.96 
 
 		 527 aa  87.4  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 		 448 aa  84.7  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2298  RagB/SusD domain protein  28.99 
 
 		 629 aa  84.3  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0544973 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  33.48 
 
 		 494 aa  84.3  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1684  RagB/SusD domain protein  25.04 
 
 		 611 aa  83.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390743  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  29.72 
 
 		 506 aa  83.2  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  29.31 
 
 		 489 aa  82.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  28.85 
 
 		 514 aa  82.8  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  32.02 
 
 		 456 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0554  RagB/SusD domain protein  30.96 
 
 		 582 aa  81.6  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.674726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1602  RagB/SusD domain protein  24.03 
 
 		 570 aa  80.9  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.71543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.1 
 
 		 476 aa  80.1  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  31.51 
 
 		 498 aa  79  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  27.15 
 
 		 484 aa  78.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  28.16 
 
 		 493 aa  79  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  29.09 
 
 		 520 aa  77.8  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  29.62 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  30.34 
 
 		 494 aa  77  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3024  RagB/SusD domain protein  26.75 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  30.34 
 
 		 472 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 502 aa  77  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  30.17 
 
 		 460 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  31.28 
 
 		 447 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  29.05 
 
 		 466 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  30.62 
 
 		 462 aa  75.5  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  30.91 
 
 		 481 aa  73.9  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  24.35 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  30.43 
 
 		 500 aa  73.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4978  RagB/SusD domain protein  25.68 
 
 		 576 aa  72.4  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000462292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3772  RagB/SusD domain protein  23.02 
 
 		 606 aa  72.4  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1140  RagB/SusD domain protein  24.96 
 
 		 650 aa  72.4  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0502  RagB/SusD domain protein  27.09 
 
 		 677 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00011099  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>