More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3195 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
472 aa  971    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  53.33 
 
 
472 aa  488  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  47.45 
 
 
493 aa  401  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  44.25 
 
 
453 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  43.15 
 
 
484 aa  353  4e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  44.42 
 
 
480 aa  347  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  43.59 
 
 
456 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  41.97 
 
 
461 aa  334  2e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  41.05 
 
 
464 aa  333  3e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  41.6 
 
 
510 aa  329  6e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  40.63 
 
 
479 aa  329  8e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  40.62 
 
 
494 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  39.51 
 
 
480 aa  312  6.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  40.04 
 
 
478 aa  312  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  38.61 
 
 
471 aa  296  6e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  37.68 
 
 
467 aa  289  9e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  38.56 
 
 
469 aa  287  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  37.13 
 
 
452 aa  262  8e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  35.1 
 
 
471 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  37.53 
 
 
462 aa  260  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  35.48 
 
 
466 aa  256  5e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  36.31 
 
 
476 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  33.55 
 
 
464 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  35.29 
 
 
466 aa  210  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  30.28 
 
 
457 aa  161  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  30.16 
 
 
447 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  30.61 
 
 
448 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  31.44 
 
 
481 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  31.9 
 
 
494 aa  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 
477 aa  149  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  31.26 
 
 
447 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  30.69 
 
 
458 aa  145  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  29.52 
 
 
481 aa  143  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  32.39 
 
 
477 aa  142  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  29.92 
 
 
446 aa  140  6e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  29.73 
 
 
447 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  31.79 
 
 
476 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  31.6 
 
 
488 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  28.09 
 
 
498 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  29.38 
 
 
478 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 
483 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  31.19 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  31.71 
 
 
479 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  28.82 
 
 
491 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  30.17 
 
 
497 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  31.4 
 
 
457 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 
480 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  30.57 
 
 
487 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  30.94 
 
 
499 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  32 
 
 
506 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  31.17 
 
 
494 aa  123  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  30.89 
 
 
473 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  31.5 
 
 
470 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  29.46 
 
 
522 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.71 
 
 
456 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 
503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  28.11 
 
 
499 aa  117  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  27.07 
 
 
490 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  27.69 
 
 
494 aa  116  7.999999999999999e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  30.47 
 
 
502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 
522 aa  113  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  28.11 
 
 
506 aa  114  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 
501 aa  113  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.12 
 
 
519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  28.29 
 
 
493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  30.04 
 
 
527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  29.93 
 
 
483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  28.91 
 
 
500 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  28.14 
 
 
498 aa  110  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  31.75 
 
 
514 aa  110  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  29.7 
 
 
485 aa  110  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  27.74 
 
 
488 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  29.51 
 
 
508 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  28.3 
 
 
495 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  28.27 
 
 
490 aa  107  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  26.4 
 
 
507 aa  106  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 
513 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  29.04 
 
 
514 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  27.98 
 
 
460 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  29.68 
 
 
426 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  30.73 
 
 
519 aa  104  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  27.96 
 
 
492 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  26.9 
 
 
506 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  30.14 
 
 
503 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 
509 aa  103  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 
496 aa  103  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 
504 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  26.7 
 
 
508 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  26.91 
 
 
503 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2225  RagB/SusD domain protein  28.16 
 
 
491 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  27.6 
 
 
461 aa  101  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  26.96 
 
 
512 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 
486 aa  100  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  28.94 
 
 
506 aa  100  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  26.51 
 
 
469 aa  100  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5343  hypothetical protein  27.89 
 
 
452 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000704109  normal  0.022612 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6565  RagB/SusD domain protein  27.44 
 
 
488 aa  98.6  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0333955  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  26.08 
 
 
527 aa  99  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 
479 aa  98.6  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  27.52 
 
 
492 aa  98.2  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>