More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3165 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 456 aa  934    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  43.57 
 
 		 461 aa  356  5e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  41.04 
 
 		 478 aa  342  8e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  43.59 
 
 		 472 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  41.98 
 
 		 469 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  42.7 
 
 		 464 aa  332  6e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  41.04 
 
 		 479 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  40.41 
 
 		 510 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  39.2 
 
 		 493 aa  315  9e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  42.17 
 
 		 480 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  41.28 
 
 		 452 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  40.84 
 
 		 494 aa  310  5e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  38.95 
 
 		 484 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  42.39 
 
 		 480 aa  305  9.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  37.89 
 
 		 472 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  40.57 
 
 		 466 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  39.57 
 
 		 476 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  38.95 
 
 		 453 aa  293  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  37.95 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  41.19 
 
 		 462 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  36.62 
 
 		 471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  35.32 
 
 		 471 aa  256  8e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  35.6 
 
 		 464 aa  252  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  35.56 
 
 		 466 aa  232  8.000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  34.04 
 
 		 448 aa  188  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  34.19 
 
 		 457 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  31.79 
 
 		 447 aa  180  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  32.21 
 
 		 458 aa  172  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  32.45 
 
 		 479 aa  170  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  31.93 
 
 		 478 aa  170  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.78 
 
 		 476 aa  163  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  30.98 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  34.63 
 
 		 488 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  30.59 
 
 		 497 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  29.87 
 
 		 446 aa  149  9e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  30.75 
 
 		 491 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  31.13 
 
 		 447 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  29.3 
 
 		 481 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  27.92 
 
 		 477 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 		 447 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  28.19 
 
 		 481 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  29.17 
 
 		 506 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  28.43 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  28.77 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  29.57 
 
 		 502 aa  137  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  30.23 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  28.63 
 
 		 483 aa  134  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 		 486 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  28.82 
 
 		 500 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  29.39 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  27.56 
 
 		 497 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  29.38 
 
 		 480 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  27.84 
 
 		 470 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  29.82 
 
 		 483 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  29.4 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  29.28 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 456 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  30 
 
 		 461 aa  127  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 		 490 aa  128  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  28.9 
 
 		 507 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 		 510 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 		 514 aa  127  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  29.69 
 
 		 508 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  28.09 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  26.04 
 
 		 527 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  27.77 
 
 		 498 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  30.16 
 
 		 499 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  29.09 
 
 		 540 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  29.06 
 
 		 486 aa  123  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  26.38 
 
 		 506 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  27.65 
 
 		 473 aa  121  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  28.63 
 
 		 506 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  29.1 
 
 		 490 aa  120  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  28.24 
 
 		 512 aa  120  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  28.64 
 
 		 498 aa  120  7e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  25.3 
 
 		 488 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  28.2 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  29.62 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  30.31 
 
 		 499 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  27.99 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  27.7 
 
 		 541 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  29.78 
 
 		 505 aa  117  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  28.67 
 
 		 503 aa  116  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.22 
 
 		 513 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.18 
 
 		 499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  31.36 
 
 		 511 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  26.65 
 
 		 501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.46 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 469 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  28.71 
 
 		 503 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 		 503 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  26.59 
 
 		 511 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 		 479 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  28.26 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6635  RagB/SusD domain protein  30.25 
 
 		 483 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.258303 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  26.96 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  35.71 
 
 		 612 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  26.64 
 
 		 496 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  30.97 
 
 		 522 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>