255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1344 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  429  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 200 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 205 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 202 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  30.69 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 202 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 203 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 208 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 204 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  27.67 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  31.25 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  32 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  29.73 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3765  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0357958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12440  AcrR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.446651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  20.92 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  23.81 
 
 		 264 aa  52.4  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1135  putative transcriptional regulator  29.49 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13181  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 213 aa  52  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000106336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 206 aa  51.6  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 187 aa  51.6  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 247 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1173  regulatory protein, TetR  29.65 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.959952 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 255 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0652  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 190 aa  49.3  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00127288  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 215 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 240 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3413  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000152623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 205 aa  48.9  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  27.66 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  46 
 
 		 201 aa  48.5  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0186  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 410 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.291821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 207 aa  48.5  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 		 205 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 291 aa  48.5  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 212 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  47.4  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>