281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4072 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  423  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 204 aa  343  7e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  77.89 
 
 		 204 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  80 
 
 		 203 aa  308  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  70.53 
 
 		 211 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  70.26 
 
 		 203 aa  281  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  54.26 
 
 		 205 aa  208  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 205 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  50.78 
 
 		 200 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  42.05 
 
 		 196 aa  177  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  43.65 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  41.79 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 202 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 201 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 202 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 204 aa  115  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 195 aa  98.2  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  31.58 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  89.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 202 aa  89.4  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 		 196 aa  88.6  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 204 aa  88.2  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  33.57 
 
 		 204 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 206 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 205 aa  85.9  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 224 aa  85.9  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 205 aa  85.5  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 205 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  30.86 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 204 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
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NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 208 aa  77.8  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  30.12 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 200 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 210 aa  71.2  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  44.59 
 
 		 101 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  23.23 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 191 aa  62  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  40.37 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  26.46 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  43.86 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 213 aa  51.6  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 210 aa  51.6  0.000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 210 aa  51.2  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3299  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000002111  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3313  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.212765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3108  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 185 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 240 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3354  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 185 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3326  transcriptional regulator, TetR family  23.3 
 
 		 185 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3324  transcriptional regulator, TetR family  22.78 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 209 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 221 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  26.8 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 287 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009943  Dole_1600  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 288 aa  48.5  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 190 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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