More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0464 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
211 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  84.83 
 
 
211 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  83.89 
 
 
211 aa  361  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  65.57 
 
 
212 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  65.67 
 
 
221 aa  277  7e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 
223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  46.41 
 
 
213 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 
198 aa  94.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
196 aa  90.5  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
201 aa  85.5  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
220 aa  85.1  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2134  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
205 aa  85.1  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.269562  normal  0.11419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1173  regulatory protein, TetR  31.09 
 
 
202 aa  84.7  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.959952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  34.53 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
199 aa  82.8  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1191  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
198 aa  80.9  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
214 aa  80.1  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
213 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  39.32 
 
 
194 aa  77.8  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1333  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
201 aa  75.5  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103575  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  39.32 
 
 
196 aa  75.1  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
218 aa  75.1  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 
204 aa  73.2  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  33.59 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
198 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
198 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  27.89 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
192 aa  67.8  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  35.82 
 
 
188 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  35.82 
 
 
188 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1015  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 
201 aa  66.2  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2111  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 
214 aa  64.3  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.780559 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  41.74 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
206 aa  62  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3998  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 
205 aa  62  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0825494  normal  0.0160725 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  31.9 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1334  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
201 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.180708  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  31.9 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  31.9 
 
 
196 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
244 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
197 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4624  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 
197 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1837  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
202 aa  58.5  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
247 aa  58.2  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
247 aa  58.2  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 
201 aa  58.2  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
204 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
204 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  52.17 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 
204 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0332  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
208 aa  56.2  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 
211 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  26.74 
 
 
235 aa  55.8  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
216 aa  56.2  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 
186 aa  55.8  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
187 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  40.98 
 
 
230 aa  55.1  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 
241 aa  55.1  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2925  regulatory protein TetR  45.83 
 
 
224 aa  55.1  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
218 aa  55.1  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 
199 aa  55.1  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
228 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
228 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
231 aa  55.1  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
228 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  34.65 
 
 
225 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 
195 aa  54.7  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  58.7 
 
 
278 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22050  transcriptional regulator  30.34 
 
 
199 aa  53.9  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0903673 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  37.5 
 
 
207 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 
291 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 
242 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
207 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
208 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
211 aa  53.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 
202 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 
216 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22500  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 
199 aa  52.8  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589103  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
209 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
212 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
199 aa  52  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
208 aa  52  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>