259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4900 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  80.1 
 
 		 204 aa  340  7e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  77.89 
 
 		 204 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 211 aa  299  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  73.89 
 
 		 203 aa  293  9e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  68.02 
 
 		 203 aa  280  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  50.26 
 
 		 200 aa  187  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 205 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 205 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 196 aa  175  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  44.22 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  44.22 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  44.85 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  43 
 
 		 202 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 202 aa  154  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  41.49 
 
 		 201 aa  154  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 201 aa  147  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 209 aa  141  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 204 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 205 aa  91.3  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 205 aa  90.5  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  32.9 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 224 aa  88.2  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 205 aa  86.7  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 205 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  29.59 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 204 aa  84.7  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  30.93 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  30.99 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
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NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
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NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
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NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
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NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
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NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  28.83 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  43.84 
 
 		 101 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  25.41 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  42.37 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  25.31 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  20.54 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 228 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
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NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 221 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  24.36 
 
 		 200 aa  48.5  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 199 aa  48.5  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 200 aa  48.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 287 aa  48.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_2419  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.47163  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_2369  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
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