More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1313 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 213 aa  437  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  47.24 
 
 		 207 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  45.32 
 
 		 210 aa  187  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  43.35 
 
 		 210 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  46.8 
 
 		 206 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  43.78 
 
 		 209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  37.81 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  131  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 219 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 243 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  35.91 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 211 aa  115  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 266 aa  114  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 214 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  32.66 
 
 		 264 aa  106  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 273 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 206 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 230 aa  91.7  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  90.9  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 214 aa  89.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 233 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  28.57 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  43.53 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  27.36 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  46.27 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.89 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  30.3 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>