More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2481 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  426  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 205 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 205 aa  260  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 205 aa  260  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 205 aa  260  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 205 aa  260  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 205 aa  259  2e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  57.28 
 
 		 205 aa  254  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  60.51 
 
 		 204 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  62.37 
 
 		 205 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  58.71 
 
 		 204 aa  248  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 207 aa  242  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 205 aa  240  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  58.95 
 
 		 204 aa  237  6.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 205 aa  238  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  61.34 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  59.07 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  58.03 
 
 		 205 aa  236  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 204 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 205 aa  230  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  58.19 
 
 		 204 aa  228  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 204 aa  225  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 204 aa  223  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  48.73 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  44.04 
 
 		 204 aa  175  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 205 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 205 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 211 aa  91.3  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 		 202 aa  90.5  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 202 aa  89.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 208 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 203 aa  85.1  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  27.49 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  25.61 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0215  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  47.37 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  28.29 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  31.71 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  37.04 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0652  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 190 aa  53.1  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00127288  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 228 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  40 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 238 aa  52.8  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 400 aa  52.8  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 220 aa  52.4  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 224 aa  52  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 200 aa  51.6  0.000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 229 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>