More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1456 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 211 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  98.6  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 223 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 215 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2999  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.03228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0679  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  41.84 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  33.56 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  26.96 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2780  transcriptional regulator TetR family  28.92 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  23.38 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  45.21 
 
 		 221 aa  61.6  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  25 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.29 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  23.12 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  35.45 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  33.33 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  25.35 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
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NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal  1 
 
 
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NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
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NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
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NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
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NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
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NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 324 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
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NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
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