More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2441 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
217 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  41.09 
 
 
264 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
231 aa  164  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  39.11 
 
 
255 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  38.61 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
266 aa  158  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
273 aa  157  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  39.81 
 
 
225 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
243 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
235 aa  156  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  43 
 
 
220 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
214 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 
221 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
226 aa  151  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 
218 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
242 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  37.56 
 
 
230 aa  142  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 
215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
224 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
209 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 
209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
206 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 
207 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  32.51 
 
 
206 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
228 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  31.71 
 
 
213 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
219 aa  98.6  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
211 aa  97.4  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  33.52 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
243 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
204 aa  95.5  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 
210 aa  94.7  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
209 aa  94.7  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
211 aa  91.7  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
238 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
207 aa  86.3  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
218 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 
217 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
202 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
217 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
234 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 
205 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
225 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
210 aa  65.9  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 
241 aa  65.9  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  25.62 
 
 
226 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 
195 aa  65.5  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
241 aa  65.1  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  25.34 
 
 
194 aa  65.1  0.0000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 
194 aa  64.7  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
199 aa  64.3  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  35.29 
 
 
224 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
200 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 
211 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
200 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  25.77 
 
 
233 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
222 aa  63.5  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
222 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 
211 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  31.08 
 
 
207 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
223 aa  62.8  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 
209 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
207 aa  62.8  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
204 aa  62.4  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
250 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
244 aa  62  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 
233 aa  62  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  34.15 
 
 
251 aa  62  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 
231 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2564  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
214 aa  61.6  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.454515 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
216 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
206 aa  61.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 
208 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
228 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 
209 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
216 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 
218 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
205 aa  60.1  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
216 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3994  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
391 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.777734 
 
 
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NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 
201 aa  60.5  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
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NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
205 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
206 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.901149 
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
205 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
289 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal 
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
204 aa  59.7  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal 
 
 
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