More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3669 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  74.22 
 
 		 246 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  63.11 
 
 		 238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 211 aa  244  6e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  58.79 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 224 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  39.2 
 
 		 218 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 218 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 217 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 228 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 206 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 209 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 207 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  34.36 
 
 		 213 aa  119  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 273 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 214 aa  108  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  38.95 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 220 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 247 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  35.23 
 
 		 206 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 233 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 206 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 231 aa  102  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 225 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  31.4 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 217 aa  98.6  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 204 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 226 aa  95.5  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 210 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  92.8  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 215 aa  92  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 233 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  35.36 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  28.24 
 
 		 233 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 218 aa  72  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 209 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 210 aa  68.6  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 211 aa  68.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 213 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  28.81 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 205 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 194 aa  62  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>