More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3598 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 540 aa  86.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.6 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  35.12 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 208 aa  74.7  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  35.77 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 215 aa  71.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.9 
 
 		 211 aa  71.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 244 aa  68.2  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  35.57 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.85 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 228 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.81 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  31.17 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  27.85 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1712  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.149018  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 209 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  25 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.07 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3340  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.841293 
 
 
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