More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2444 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  428  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 236 aa  85.1  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  36.8 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 289 aa  74.7  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7041  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.43 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 540 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  30.53 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 236 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.95 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  25 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  32.59 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  26.18 
 
 		 278 aa  62  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 203 aa  62  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  33.84 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 208 aa  62  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 273 aa  61.6  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  27.01 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.67 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3771  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  28.81 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  31.88 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>