More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06672 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  100 
 
 		 198 aa  411  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 209 aa  181  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 202 aa  135  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  31.12 
 
 		 204 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  32.14 
 
 		 200 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 202 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 207 aa  118  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 195 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 204 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 203 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 203 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 217 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 201 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 203 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  27.84 
 
 		 205 aa  94.7  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 208 aa  92  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
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NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 198 aa  91.3  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  25.96 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 257 aa  71.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 215 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.56 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  67.8  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.91 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 221 aa  64.7  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  23.98 
 
 		 217 aa  64.7  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 209 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 244 aa  62  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 217 aa  62  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 244 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  23.96 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
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NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  34.4 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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