More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1979 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  83.73 
 
 		 218 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  79.05 
 
 		 216 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  61.14 
 
 		 218 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 210 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 213 aa  180  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 212 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  40.47 
 
 		 220 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  40.74 
 
 		 220 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  41.87 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 207 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  34.16 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 244 aa  122  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 247 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 247 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 207 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 		 215 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 200 aa  97.1  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 237 aa  92  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 208 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 208 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 257 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  33.51 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 207 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 220 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 207 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.65 
 
 		 219 aa  86.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 250 aa  85.5  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 228 aa  85.1  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.27 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  31.96 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.67 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 217 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 192 aa  74.7  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 212 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 255 aa  72  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 206 aa  72  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
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NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  31.11 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  30.62 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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