More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0607 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 255 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  95.95 
 
 		 247 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  79.18 
 
 		 264 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  70.35 
 
 		 215 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 273 aa  271  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 232 aa  214  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 226 aa  209  4e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 233 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 235 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 242 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 214 aa  195  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 220 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  47.89 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  47 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 214 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 207 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  37.91 
 
 		 209 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 209 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 206 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  37.42 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  35.32 
 
 		 210 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  34.42 
 
 		 210 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  31.86 
 
 		 206 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 243 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 217 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  29.15 
 
 		 213 aa  97.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  90.5  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 211 aa  89  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  26.67 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 216 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 212 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 210 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 190 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 206 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 214 aa  67  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 216 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  27.92 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 191 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 218 aa  65.1  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>