More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2537 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 231 aa  463  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 245 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 222 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 212 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.55 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 540 aa  93.6  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 209 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 210 aa  89  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  30.8 
 
 		 215 aa  87.8  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 233 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  30.48 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  28.93 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 217 aa  69.7  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  23.72 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 424 aa  68.6  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  25.62 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  28.77 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  30.74 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 247 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 289 aa  62  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  31.55 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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