More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3576 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  100 
 
 		 207 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  86.96 
 
 		 205 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  53.69 
 
 		 204 aa  214  9e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 207 aa  191  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 200 aa  134  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  37.81 
 
 		 234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 210 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 208 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 208 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 211 aa  99  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 213 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 244 aa  97.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 213 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 213 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  34.48 
 
 		 250 aa  91.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 206 aa  91.3  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 206 aa  91.3  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34 
 
 		 228 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 209 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 213 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 210 aa  89  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  27.84 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  28.16 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 209 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 209 aa  85.1  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28 
 
 		 224 aa  84.7  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.16 
 
 		 206 aa  84.7  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.76 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  29.95 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  30.24 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 203 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.22 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.46 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  28.64 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 226 aa  71.2  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 257 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  25.24 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
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NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.49 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 242 aa  68.2  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
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