More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2027 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  427  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  48.24 
 
 		 220 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 192 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 207 aa  113  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 216 aa  109  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 208 aa  108  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 208 aa  104  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  30.46 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 210 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 210 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 209 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  99.4  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 210 aa  98.6  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  98.2  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 210 aa  98.2  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 215 aa  98.2  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  32.83 
 
 		 250 aa  97.8  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 202 aa  95.1  6e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 206 aa  94.7  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 207 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 207 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 		 212 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 212 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  33.99 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 206 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 206 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 207 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 203 aa  91.7  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 222 aa  90.5  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 215 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 259 aa  89.4  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  26.9 
 
 		 251 aa  88.2  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 223 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 209 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.57 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 237 aa  86.3  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.05 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.7 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 211 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 188 aa  84.7  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 257 aa  85.1  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 216 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 208 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  31.5 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  31.54 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.78 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  28.48 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  35.9 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 213 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
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NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  29.21 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  31.31 
 
 		 220 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 224 aa  78.2  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  36.72 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.86 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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