More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2177 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 210 aa  420  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  74.26 
 
 		 251 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  60.5 
 
 		 234 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  39.71 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  39.8 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  38.92 
 
 		 207 aa  124  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  38.94 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 216 aa  114  7.999999999999999e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 208 aa  112  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  41 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  38.97 
 
 		 220 aa  98.2  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  97.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 220 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 202 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 209 aa  91.3  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 208 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  32.53 
 
 		 250 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 234 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  88.2  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 251 aa  87.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  29.35 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.35 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  32.85 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  29.65 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  31.13 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  30.1 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 209 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  29.27 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  30.81 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  27.65 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  30.24 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 257 aa  68.2  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 202 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 216 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013512  Sdel_1167  regulatory protein TetR  24.51 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000201787  n/a   
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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