More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1276 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 214 aa  428  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  55.5 
 
 		 222 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  48.26 
 
 		 218 aa  172  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  46.5 
 
 		 209 aa  165  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  45.63 
 
 		 217 aa  158  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  45.73 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  44.28 
 
 		 204 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 213 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 237 aa  106  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 208 aa  104  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 230 aa  101  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  34.98 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 259 aa  99.8  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 220 aa  97.8  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 212 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 206 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  28.64 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 202 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  35.97 
 
 		 213 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  35.17 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  92  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 206 aa  92  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 206 aa  92  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  36.14 
 
 		 219 aa  91.7  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 248 aa  90.9  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 210 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 205 aa  89.4  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 208 aa  88.6  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  33.16 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  27.98 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 251 aa  86.3  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 216 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 227 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 226 aa  86.3  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 200 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  34 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 206 aa  85.1  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 245 aa  85.1  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 215 aa  85.1  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 216 aa  84.7  8e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 207 aa  84.7  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 203 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  32 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  29.56 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  32.65 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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