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for query gene Sden_1279 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 206 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  69.54 
 
 		 226 aa  295  4e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  65.48 
 
 		 206 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  64.22 
 
 		 209 aa  271  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 206 aa  270  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 203 aa  269  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 206 aa  268  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 205 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  65.43 
 
 		 188 aa  259  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  61.42 
 
 		 207 aa  259  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  59.9 
 
 		 210 aa  254  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 216 aa  248  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  65.48 
 
 		 208 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  65.48 
 
 		 216 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 216 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  36.67 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  34 
 
 		 212 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 209 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 213 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 213 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.43 
 
 		 205 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 211 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.49 
 
 		 207 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 209 aa  85.5  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 210 aa  84.7  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 208 aa  81.3  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 213 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  36.15 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 259 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.17 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  30.81 
 
 		 234 aa  74.7  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  74.7  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  28.07 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  32.87 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 200 aa  72  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 244 aa  71.6  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 210 aa  71.2  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  28.99 
 
 		 230 aa  71.2  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.64 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.71 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  28.66 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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