More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4265 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4682  hypothetical protein  69.62 
 
 		 187 aa  108  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.901186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 212 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  39.84 
 
 		 213 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 202 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 222 aa  99  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 198 aa  96.7  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 237 aa  96.3  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 210 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 218 aa  92.8  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 217 aa  92.4  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 225 aa  92.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 200 aa  92  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 200 aa  92  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.66 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 221 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  34 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  31.96 
 
 		 205 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 236 aa  89  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 213 aa  89  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 211 aa  88.2  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 191 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.1 
 
 		 220 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 210 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 220 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 220 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 208 aa  85.5  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 234 aa  85.1  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.65 
 
 		 209 aa  85.1  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 209 aa  84.7  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  34.18 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  31.54 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  30.77 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 289 aa  81.6  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  28.71 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.88 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.25 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  28.5 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 216 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  31.34 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 248 aa  72  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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